基因预测的基本分析内容.ppt

* 第六章 基因预测和基因结构分析 （II） 生物信息学 基因预测和基因结构分析 生物信息学中的重要内容之一 预测编码蛋白质的基因 排除重复序列 确定开放阅读框（open reading frame, ORF） 确定基因的调控区－启动子 （一） 基因预测的基本分析内容 （二） 基因预测的基本方法 1. 序列相似性搜索(Extrinsic Approaches) 基因组DNA序列 在6个阅读框中进行翻译并与蛋白质数据库中的序列进行比较分析（如Blastx） 对EST数据库中同一生物的cDNA序列进行比较分析（如Blastn） 确定基因数目和对应的ORF Similarity-based Gene Prediction: for sequences that encode a known protein or a protein with a known homolog 分析举例：水稻Xa21基因序列（U37133） CDS：1-2677 bp处和3521-3921 bp处 Blastx分析结果（检索蛋白质数据库）：与水稻蛋白质序列比较 Blastn分析结果（检索est other数据库）：与水稻cDNA序列比较 取决于数据库中EST数据的数量和长度 通过“Distance tree of results ”查看与U37133序列同源的其它EST序列 有些蛋白质序列