第十二章dna芯片技术第十章dna芯片技术第十二章dna芯片技术第十二章dna芯片技术.ppt

第十二章　DNA芯片技术 生物芯片:是指通过微电子、微加工技术在平方厘米大小的固相介质表面构建的微型分析系统,以实现对组织细胞中DNA、蛋白质及其他生物组分的快速、高效、敏感的处理和分析 1.信息芯片:是将与生命相关的信息分子高度集成,来实现对基因、蛋白质等生物活性物质进行高通量的检测和分析. DNA芯片 蛋白质芯片 组织芯片 细胞芯片 2.功能芯片:是在芯片上完成生命科学研究中样品的分离、扩增、生化反应等功能的芯片. 生物样品制备芯片 核酸扩增芯片 毛细管电泳芯片 DNA芯片 生物芯片 蛋白质芯片 其它芯片 第一节　DNA芯片技术的概述 一、DNA芯片技术的概念 是在核酸杂交技术的基础上 ,结合芯片技术发展起来的分子生物学技术.它是融合分子生物学、微电子学、计算机科学等多学科的高新技术. 基本原理:将大量寡核苷酸分子作为探针，固定于较小面积的支持物上，然后与标记好的待测DNA或RNA样品进行杂交，再检测杂交信号的强弱，从而判断样品中靶分子的数量或活性状态。由于常用计算机硅芯片作为固相支持物所以称为DNA芯片. 二、DNA芯片的主要类型 ⑴根据探针序列的不同 ①寡核苷酸芯片：是将寡核苷酸原位合成载体上，或将代表各种不同基因的寡核苷酸序列合成好后固定在载体上所制备成的芯片。用于鉴定待测DNA的序列及其与参考序列的差异，检测基因表达水平，发现或寻找新基因 ②cDNA芯片：是用待研究组织的cDNA片断制备的芯片。常用于特定组织基因表达状况的大规模检测。 ⑵根据功能的不同 ①基因表达谱芯片：将成千上万个基因的特异探针或其cDNA片段固定在一块载体上制备而成.了解相关基因表达的个体特异性、组织特异性、发育与分化阶段特异性、病变特异性或治疗前后相关基因表达的特异性，可以迅速发现某个或某几个基因与疾病的关系，确定这些基因的功能 ②DNA测序芯片：是专门用于基因组的核苷酸序列测定的芯片 ⑶按照制备模式的不同 ①Ⅰ型是将靶DNA样品固定于固相支持物上，与一系列游离的标记探针杂交，适合于大量不同靶DNA的分析； ②Ⅱ型是将大量探针按预先设定的顺序固定于支持物上，再与标记的DNA样品杂交，适合于对同一靶DNA进行不同探针序列的分析。 ⑷根据用途的不同 ①基因表达分析芯片 ② DNA多态性分析芯片 可以用来寻找新基因、基因测序、疾病基因研究、基因制药研究、新药筛选等许多领域 ③疾病诊断芯片主要用于疾病断，包括各种遗传病和肿瘤等。 如:p53基因突变诊断芯片 艾滋病病毒基因突变诊断芯片 细胞色素P450基因突变诊断芯片 ⑸按照探针密度的不同 高中低密度芯片 （6）按制备方式不同 ①原位合成芯片：采用显微光蚀刻等技术在芯片的特定部位原位合成寡核苷酸而制成的芯片 ②DNA微集阵列：将预先制备的DNA片段以显微打印的方式有序地固化于支持物表面而制成的芯片 三、 DNA芯片的特点 DNA芯片技术具有高通量、微型化、集成化和标准化等优点。 利用固定于支持物表面的上万种探针同时与样品进行杂交，并对杂交信号进行实时、灵敏和准确的检测分析，一次性获取待测核酸的大量息，全面分析基因组的功能状态。 这种核酸分子杂交技术的集成化相当于将整个实验室缩微到一片小小的芯片上，使DNA测序、基因表达检测等的程序得到了极大简化 第二节 DNA芯片技术的基本原理与方法 DNA芯片技术的基本操作: 芯片制备 样品准备 分子杂交 检测分析 一、芯片的制备 ㈠原位合成法 基本步骤： ①用特制的模具——掩膜覆盖片基，只暴露那些需要连接核苷酸的位点 ②用光照射，除去暴露位点羟基上的光敏保护基团 ③加含特定核苷酸的反应液，核苷酸与游离羟基连接。然后进入第二循环，要更换掩膜暴露不同位点 ，继续合成 探针密度：10-40万点阵／cm2 探针长度：8-20nt ㈡ 微量点样法 用全自动点样仪采用非接触喷射点样或接触点样将预先合成的寡核苷酸探针或cDNA探针按顺序点布到经特殊处理的玻片或其他载体上。因点样量很小，探针分子的大小和种类不受限制，成本较低，目前大部分DNA芯片公司都使用该方法。 探针密度：1-10万点阵／cm2 二、待测样品的准备 样品的分离纯化 DNA mRNA 样品的扩增 PCR RT-PCR 样品的标记 荧光素（Cy3 Cy5） 生物素 放射性标记 三、分子杂交 样品与