第二讲_cDNA芯片与基因表达试卷.pptVIP

第一部分 cDNA芯片回顾 cDNA芯片的特点 原理： cDNA是与mRNA互补的DNA分子，长约0.2~5kb 通过碱基互补配对原则进行探针与待测mRNA之间的分子杂交产生信号，反映待检mRNA水平，在一定程度上体现基因的表达水平 寡核苷酸芯片的特点 原理： 通过碱基互补配对原则进行杂交，检测对应片段是否存在、存在量的多少 优点： 可以通过原位合成法制备； 探针长度小，减少二级结构形成 ； 减少非特异杂交，能有效区分有同源序列的基因； 无需扩增，防止扩增失败影响实验； 杂交温度均一，提高杂交效率 缺点： 当寡核苷酸序列较短时，单一的序列不足以代表整个基因，需要用多段序列 cDNA芯片的优缺点 cDNA芯片的优点 序列长度长，可直接检测待检mRNA 结合敏感性强 信号强度大 cDNA芯片的缺点 探针退火温度差异大 存在非特异性交叉杂交 cDNA芯片应用领域 基因表达分析 等位基因探查 基因多态性分析 表达谱数据库 第二部分 cDNA表达芯片数据预处理 对数转换 数据过滤 数据过滤的目的是去除表达水平是负值或很小的数据、或者明显的噪声数据 过闪耀现象 物理因素导致的信号污染 杂交效能低 点样问题 其它 数据补缺 (一)数据缺失类型 非随机缺失 基因表达丰度过高或过低 随机缺失 与基因表达丰度无关，数据 补缺主要针对随机缺失情况 数据补缺方法 K近邻法 回