进化系统树推定-京都大学.ppt

まとめ 系統樹の個数: 無根系統樹で (2n-5)!! 有根系統樹で (2n-3)!! 距離行列法 UPGMA法：　最小距離のクラスタを結合 近隣結合法：　近隣の節点を結合 最節約法: 置換コストが最小の系統樹を計算 最大合致部分系統樹： 複数の系統樹の比較 補足 最尤法に基づく方法も数多く研究 近隣結合法は O(n3) 時間かかるが、この定式化自体における本質的な改善は研究課題と思われる [Simonsen et al.: Proc. WABI 2008] 近年では系統ネットワークについて数多くの研究 系統樹を（ある制約のもとので）複数の親を許すように拡張 合致部分系統樹問題についても数多くの研究 出次数が2の場合（binary tree）に O(Nn2)時間でできるかは研究課題 [Lee et al.:IPL 2005] * * * * * * * * * * * * * 情報生命科学特別講義III（７）進化系統樹推定 阿久津　達也 京都大学　化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 講義予定 第１回:　文字列マッチング 第２回：　文字列データ構造 第３回：　たたみ込みとハッシュに基づくマッチング 第４回：　近似文字列マッチング 第５回：　配列アラインメント 第６回：　配列解析 第７回：　進化系統樹推定 第８回：　木構造の比較：順序木 第９回：　木構造の比較：無