甲烷氧化菌20Z利用EMP途径高效同化甲烷解剖.pdf

生 物 工 程 学 报 崔金玉 等/ 甲烷氧化菌20Z 利用Embden-Meyerhof-Parnas 途径高效同化甲烷 43 Chinese Journal of Biotechnology /cjbcn January 25, 2014, 30(1): 43?54 DOI: 10.13345/j.cjb.130375 ?2014 Chin J Biotech, All rights reserved 细胞工厂与发酵工程 甲烷氧化菌20Z 利用Embden-Meyerhof-Parnas 途径 高效同化甲烷 1 1 2 3 1,4 崔金玉 ，姚陆 ，孙效乐 ，Marina G. Kalyuzhnaya ，杨松 1 青岛农业大学生命科学学院 山东省应用真菌重点实验室，山东 青岛 266109 2 山东省农业科学院质量标准与检测试验研究所，山东 济南 250100 3 美国华盛顿大学微生物系，华盛顿州 西雅图 98105 4 天津大学系统生物工程教育部重点实验室，天津 300072 崔金玉, 姚陆, 孙效乐, 等. 甲烷氧化菌 20Z 利用 Embden-Meyerhof-Parnas 途径高效同化甲烷. 生物工程学报, 2014, 30(1): 43?54. Cui JY, Yao L, Sun XL, et al. Highly efficient methane assimilation through Embden-Meyerhof-Parnas pathway in Methylomicrobium alcaliphilum 20Z. Chin J Biotech, 2014, 30(1): 43?54. 摘 要: 为了探究γ- 变形菌纲 (Gammaproteobacteria) 甲烷氧化菌Methylomicrobium alcaliphilum 20Z 的甲烷 同化代谢过程。文中整合 RNA-seq 、LC-MS 技术并结合 13C 标记策略对核酮糖单磷酸途径 (Ribulose monophosphate pathway) 及下游途径展开系统组学分析。M. alcaliphilum 20Z 代谢物组定量分析表明 Entner-Doudoroff (EDD) 途径的中间代谢物6-磷酸葡萄糖的浓度是(150.95±28.75) μmol/L ，2- 酮-3-脱氧-6-磷酸 葡糖酸浓度低于质谱定量分析检测限，而Embden-Meyerhof-Parnas (EMP) 途径中果糖 1,6-二磷酸、甘油醛-3- 磷酸/ 二羟丙酮磷酸和磷酸烯醇式丙酮酸的浓度分别是 (1 142.02±302.88) μmol/L 、(1 866.76±388.55) μmol/L 和 (3 067.57±898.13) μmol/L 。通过EDD 和EMP 途径的代谢物 13C 同位素动态富集研究，进一步揭示3 位标记丙 酮酸丰度是 1 位标记丙酮酸丰度的4~6 倍。最后，基因表达比较分析发现EMP 途径的关键基因 (如：fbaA 、 tpiA 、gap 和pykA ) 的表达水平 (RPKM) 分别是2 479.2 、2 493.9 、2 274.6 和 1 846.0，而EDD 途径中基因 (如： pgi 、eda 和edd) 的RPKM 仅是263.8 、341.2 和225.4 。综合上述结果阐明EMP 途径才是M. alcaliphilum 20Z 进行甲烷同化的关键通路。EMP 途径代谢功能的全新阐述不但改变对Gammaproteobacteria 甲烷氧化菌甲烷同