下一代CHIP-Seq测序解剖.pdf

HEREDITAS (Beijing) 2012 6 , 34(6): 773―783 ISSN 0253-9772 DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.00773 技术与方法 下一代测序中 ChIP-seq 数据的处理与分析 高山 1, 张宁 1, 李勃 2, 徐硕 3, 叶彦波 4, 阮吉寿 1 1. , 300071; 2. , 400044; 3. , 100038; 4. , 430071; 将染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与下一代高通量测序技术相结合的染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq), 已成为功能基因组学、特别是基因表达调控领域研究的关键技术。ChIP-seq 实验带来的海量数据向生物信息学 研究人员提出了新的挑战。由于此领域数据处理技术的发展大大滞后于实验技术进步, 有必要系统地介绍和回 顾 ChIP-seq 数据处理的各个方面, 以便更多研究人员进入此领域设计或改进相应的算法。文章结合实例详细介 绍了 ChIP-seq 数据整个流程, 并重点讨论了其中的主要问题和关键环节, 为这一研究领域的科研人员提供一个 快速而深入的认识。 下一代测序; ChIP-seq; 数据处理; 转录调控; 表观遗传学 Processing and analysis of ChIP-seq data GAO Shan1, ZHANG Ning1, LI Bo