生物芯片及其应用课件.ppt

生物芯片及其应用 什么是芯片？ 内容 介绍目前主要的生物芯片类型 介绍表达谱芯片的实验过程 一、生物芯片的类型 表达谱芯片 CGH芯片 芯片测序 MicroRNA芯片 ChIP-chip （ ChIP-seq） 蛋白质芯片 组织芯片 CGH芯片工作原理 CGH芯片应用（I） 基因组差异的发现 CGH芯片的应用（II） 芯片测序 芯片测序的特点 优点；陕速、成本低、易于自动化。 缺点：第一，由于众多寡核苷酸的组成各不相同，其最佳杂交条件难于统一，易出现假阳性和假阴性的杂交结果；第二，根据获得的数据无法准确地排列重叠序列；第三，如果检测核酸存在重复序列，那么重叠的探针不是唯一的，重组探针无法再继续。所以，这种方法不能用于含有许多内部重复和简单序列单元的DNA。但这种方法用于再测序，即确认已知的核酸序列和研究单核苷酸多态性(SNP)的检测或突变具有其他方法不可比拟的优越性。突变分析、疾病分子诊断、基因分型。 MicroRNA 芯片 MicroRNA芯片检测可用于发现样本间差异表达MicroRNA，从而发现调控基因mRNA转录后调控的关键因素。 样本间差异基因由mRNA是否翻译成蛋白质以发挥功能，将受到差异MicroRNA的调控影响。实验表型的差异将体现在差异基因功能分布中，通过构建差异MicroRNA与差异基因功能间的相互作用网络 实验流程 ChIP-chip(ChIP-seq) 二、表达谱芯片介绍 cDNA芯片的合成方法 样本的处理方法 数据分析方法简介 芯片种类及应用介绍 基因芯片的合成方法 原位合成芯片 光蚀刻原位合成法、电化学原位合成法、喷墨式原位合成法 点样芯片 针点式合成法、喷墨式合成法 原位光刻合成基因芯片原理 探针合成 点样芯片 预先合成探针 Oligo探针 （GoArrays） PCR产物探针 （Primegens） 点制芯片 预先合成好的探针通过类似于喷墨打印机的技术喷射到玻璃基片表面，或者用针头点在片基上。 芯片探针的设计 PCR产物设计软件（Primegens） /structure/primegens/ Oligo芯片设计软件 （GoArrays） http://www.isima.fr/bioinfo/goarrays/ 点制过程 点片后检查 样本的处理方法 按照样本分 DNA、RNA、DNA-蛋白复合体 按照标记信号分子划分 荧光燃料、生物素、放射性元素 按照标记方法分 cDNA 直接标记(间接标记)、PCR扩增标记、末端标记 Cy3和Cy5 芯片实验流程 图像扫描 建议 简单的数据分析主要步骤 数值提取 归一化 差异基因筛选 数据读取（Genepix Pro） Genepix Pro一些直观数据 背景数据的获取 局部法 全局法 the global background values are either calculated from a mean or median of all local values 阴性对照法 Negative controls are features that are known not to be reactive, so that they can relied upon always to give the same intensity values independent of the experiment 芯片背景 为什么要归一化？ 由于样本差异、荧光标记效率和检出率的不平衡，需对cy3和cy5的原始提取信号进行均衡和修正才能进一步分析实验数据，Normalization正是基于此种目的。 归一化的方法 一组内参照基因（如一组看家基因,外参基因）校正Microarray所有的基因、阳性基因、阴性基因、单个基因。 Lowess Lowess 归一化的类型 With-in slide normalization globe normalization print-tip normalization Between slides normalization Globe normalization Print-tip normalization Between slides normalization 差异基因筛选 原理：采用cy3/cy5的ratio值对差异基因进行 判断，或采用统计方法对差异基因进行统计推断。 方法：倍数法：cy3/cy5比值大于2或者小于 0.5 Z值法： Z