第2讲-序列比对课件.pptVIP

序列比对(alignment)，是根据特定的计分规则，将两个或多个符号序列按位置比较排列后，得到最具相似性的排列的过程。 计分规则：序列相似性的计算规则 规定匹配、不匹配、空位各自的得分 如： 匹配：1 不匹配：0 空格：0 ACGCTAGCGCTAGCTGCTAGCTAG ACGCTAGCGCAAGCTGCTAGCTG- 21 ACGCTAGCGCTAGCTGCTAGCTAG ACGCTAGCGCAAGCTGCTAGCT- G 22 三、序列比对的算法 点阵法 动态规划法 词或k串法（BLAST或FASTA中采用）。 点阵法 点阵法是最基本的，也是很重要的一种可视化序列比对方法。 “矩阵作图法” 或 “对角线作图” 。 首先建立一个矩阵，两条序列的长度分别为矩阵的行数和列数，一条序列置于矩阵的顶部，一条序列置于矩阵的左侧。 把具有相同字符的单元做标记。 A C C T G A G C T C G T T A A C C A G C T A A 对角线上的元素 如果两个序列完全相同，则对角线上每个位置都会出现标记。 其它位置的元素 其它位置如果出现连续的相同字符，同样可以在表中体现出来。 点阵图可以很直观的发现两条序列所有可能的匹配，这些匹配可能是某种功能域。也可用于寻找蛋白质或者DNA内部的重复或者反向重复区域