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Introduction to computational molecular biology Carlos Setubal,Joao Meidanis * 课程内容 生物学问题 算法模型 计算方法在生物学中的应用 * 荷兰的Hans Lippershey和Zacharias Janssen首创了显微镜 * Rosalind Franklin * 人类基因组计划(human genome project, HGP)是由美国科学家于1985年率先提出，于1990年正式启动的 生物芯片通过微加工技术和微电子技术在固格体芯片表面构建的微型生物化学分析系统， * 摩尔定律：计算机第一定律——摩尔定律Moore定律1965年，戈登·摩尔（GordonMoore）准备一个关于计算机存储器发展趋势的报告。他整理了一份观察资料。在他开始绘制数据时，发现了一个惊人的趋势。每个新芯片大体上包含其前任两倍的容量，每个芯片的产生都是在前一个芯片产生后的18-24个月内。如果这个趋势继续的话，计算能力相对于时间周期将呈指数式的上升。Moore的观察资料，就是现在所谓的Moore定律，所阐述的趋势一直延续至今，且仍不同寻常地准确。人们还发现这不光适用于对存储器芯片的描述，也精确地说明了处理机能力和磁盘驱动器存储容量的发展。该定律成为许多工业对于性能预测的基础。在26年的时间里，芯片上的晶体管数量增加了3200多倍，从1971年推出的第一款4004的2300个增加到奔腾II处理器的750万个 * 开发和使用数学与计算机技术，分析挖掘生物数据，帮助解决分子生物学问题 * RNA分布在细胞核和细胞质中的核糖体和基质上 * 亚细胞定位是指某种蛋白或表达产物在细胞内的具体存在部位。例如在核内、胞质内或者细胞膜上存在。GFP是绿色荧光蛋白，在扫描共聚集显微镜的激光照射下会发出绿色荧光，从而可以精确地定位蛋白质的位置。 构成生命体（结构蛋白），运输（血红蛋白），催化（酶），调节（胰岛素），免疫（抗体），运动（肌纤维中的肌球蛋白和肌动蛋白），控制（阻遏蛋白） * 多肽10-50，寡肽10，蛋白质 50 丙氨酸 alanine 苏氨酸 threonine * 指蛋白质多肽链本身的折叠和盘绕的方式。二级结构主要有α-螺旋、β-折叠、β-转角。常见的二级结构有α-螺旋和β-折叠。二级结构是通过骨架上的羰基和酰胺基团之间形成的氢键维持的，氢键是稳定二级结构的主要作用力。 在体内有许多蛋白质含有2条或2条以上多肽链，才能全面地执行功能。没一条多肽链都有其完完整的三级结构，称为亚基（subunit），亚基与亚基之间呈特定的三维空间分布，并以非共价键相链接，这种蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用，称为蛋白质的四级结构（Quaternary structure） 三级结构在二级结构的基础上，靠氨基酸侧链之间的疏水相互作用，氢键，范德华力和静电作用维持的球状分子构想 * 启动子是RNA聚合酶识别、结合和开始转录的一段RNA序列。 RNA聚合酶其实转录需要的辅助因子称为转录因子 提供转录停止信号为终止子 TATA框：其一致顺序为TATAATAAT，约在基因转录起始点上游约-30-50bp处，基本上由A-T碱基对组成，是决定基因转录起始的选择，为RNA聚合酶的结合处之一，RNA聚合酶与TATA框好股结合之后才能开始转录 CAAT框：其一致顺序为GGGTCAATCT，是真核生物基因常有的调节区，位于转录其实点上游约-80-100bp处，控制着转录起始的频率 GC框：有两个拷贝，位于CAAT框的两侧，由GGCGGG组成，是一个转录调节区，有激活转录的功能 3’非翻译区影响RNA水平，而5’非翻译区影响翻译水平 mRNA分子的5’UTR通过其长度和碱基顺序以及二级结构等来参与表达调控。5’非翻译区包含了保守的茎环结构参与转录后协同调控的生物路径。5’非翻译区主要参与翻译调节，影响转录后的各个阶段，包括mRNA的稳定，折叠和核糖体的相互作用 miRNA结合在3’UTR区域进行调控 * serine 丝氨酸 tyrosine 酪氨酸 histidine 组氨酸 glutamine 谷氨酸 * 组蛋白修饰 * 在孟德尔从事的大量植物杂交试验中，以豌豆杂交试验的成绩最为出色。经过整整8年（1856-1864）的不懈努力，终于在1865年发表了《植物杂交试验》的论文，提出了遗传单位是遗传因子（现代遗传学称为基因）的论点，并揭示出遗传学的两个基本规律——分离规律和自由组合规律。这两个重要规律的发现和提出，为遗传学的诞生和发展奠定了坚实的基础，这也正是孟德尔名垂后世的重大科研成果 * Genetic linkage is the tendency of genes that ar