茶树在冷驯化过程中的全基因表达谱范例.doc

茶树冷驯化过程中全谱 使用Illumina公司测序平台，我们获得了约5735的RNA序列读取冷应转录因子基因等离子体膜稳定相关基因应答基因DGE和定量RT-PCR分析进一步证实RNA序列分析结果通路分析表明茶树冷胁迫的应碳水化合物的代谢途径钙信号通路可能发挥重要作用。它也可以作为耐冷性相关研究的宝贵资源，有助于提高冷相关基因耐低温和植物与环境的相互作用理解：茶树冷驯化RNA序列全基因组表达谱 低温是温带植物在其生命周期应对最重要的环境因素CA是一个复杂的过程，涉及到细胞生理代谢和分子修饰当植物感知寒冷温度，一系列的保护机制引发[2-4]。这些包括重置蜂窝框架合成抗冻剂的分子如可溶性糖糖醇和低分子量的含氮化合物降低自由水含量的比值提高活性氧（ROS）的清除作用并引入抗冻蛋白茶是世界上最流行的非酒精性饮料，茶树是中国，印度，斯里兰卡，肯尼亚其他最重要的经济作物之一[9]。作为一种常绿木本植物，可以在热带亚热带气候生长低温是一个最关键的环境因素，限制其增长，生存和地理分布[10]像其他多年生常绿木本作物，过程中，茶树的抗寒性随着温度的降低增强，随着温度的增加而减小先前的研究表明，当平均气温下降到7°C左右，茶树经过CA进程，并在平均气温增加超过9°C，启动驯化过程[11]很少有集中于细胞，生理和代谢变化研究当茶树经过CA程，增加栅栏组织厚度和增强细胞膜的稳定性此外，胞浆和束缚水比的浓度，细胞膜上的不饱和脂肪酸和总蛋白量，叶片可溶性蛋白的含量增加同时，一些解毒酶的活，如过氧化氢酶（CAT），超氧化物歧化酶（SOD），过氧化物酶（POD）和酯酶（EST）而代谢活性降低[11]。茶树一些冷诱导基因已被克隆[13,14]使用“组学”的研究策略解茶树CA机构是提高茶叶产量和地理分布的关键RNA序列是最近开发的方法使用大规模并行测序策略生成的转录谱它已成为高通量序列测定的一种有效方法，空前地提高效率和基因发现[16,17]。数字基因表达（DGE）是一种基于标签根据短标签所产生的核酸内切酶的测序方法这项研究表明，使用RNA序列和DGE相结合的研究茶树的转录谱的首次尝试，从而获得一个更深入的CA的分子机制产生的转录谱不仅有助于深入了解参与的基因也提高了我们对植物与环境的相互作用的理解茶树品种（L.）O.Kuntze CV龙井43种在中国国家种质库（CNGHTR）杭州茶茶叶研究所，中国农业科学院2010年月开始，2011年3月被选定在每10–15天当平均温度高于15°C完整的成熟的叶子所有的样品用去离子水冲洗分为两个部分一采用液氮?80°C存储快速冻结使用电解液泄漏试验评价耐低温纯植物提取试剂盒进行总RNA提取，Agilent 2100生物分析仪被用来RNA完整性测试完整价值至少8。低温耐受性叶样品测定电解液泄漏检测与以前的研究类似，叶用去离子水冲洗。叶样品（直径5 mm）用打孔机和叶的中脉中排除。叶样品（0.5 g）被放置在封闭含有去离子水20毫升的小瓶，分别在25°C在旋转摇床24 h。然后测定溶液的电导率（L1）。EL（相对电导率）的定义如下：EL（%）=（L1L2×100%）。对RNA序列的样品的制备使用Illumina公司的试剂盒遵循制造商的建议。总之，mRNA从总RNA纯化20μg，用Oligo（dT）磁珠，其次是碎片，其mRNA被高温下使用的二价阳离子分割成小碎片。裂解的RNA片段进行合成cDNA第一链使用逆转录酶和随机引物后通过DNA聚合酶I和RNase H合成第二链cDNA。连接电源适配器cDNA文库从5′和3′端使用Illumina HiSeq?2000平台根据制造商的指示进行测序。荧光图像处理，是由Illumina数据管道1.4行处理基地呼叫质量值的计算，读取其中290 bp的配对末端。 在我们的研究中，我们茶树采用RNA序列，CA的过程中代表三个关键阶段的，三的样品包括CA1，CA3和CK。我们称这些数据集1。我们的RNA序列数据集的访问代码是以前的研究报告了的转录组，读取来自Illumina格尔平台产生75 bp的配对末端，我们称这个数据集2。它是srx020193加入代码，包括七种不同的组织样品：的嫩枝，嫩叶，成熟叶，茎，年轻的根，花蕾和未成熟种子[21]。 原始数据从头组装之前进行预处理：劣质的核苷酸（我们定义的核苷酸与质量分数小于20的低质量的核苷酸）在过去的20个周期，的核苷酸在前五次循环中被自定义的Perl脚本修剪。经过预处理后，共获得 4.96 G碱基（GB），1.90 GB和6.86 GB质量过滤短读取分别为数据集1，数据集和数据集3。从头组装的这三个数据集分别三位一体[20]。 一些亚型三位一体的重建具有相同的只有小的变化“蛹组件”和蝶子组件，如单核苷酸多态性，小的插入或缺失等变异；装配结果冗余。 记录超