A人源ARL5GDP3P晶体结构表明它是小G蛋白家族中独特的一员.pdf

2005中国科协学术年会《生物物理与t大疾病》分会 掌术交流 表lEFE-b与aprotinin复合物结晶条件与数据收集统计 池液 O．1moUL柠檬酸一柠檬酸钠，pH 6．5， 20％异丙醇，20％PE(珥000 表2 EFE-b与aprotinin复合物结构修正统计 R、v破(％) 2 Rf融(％) 2 非氢原子数 2 水分子数 2L乙相相■石钉4 平均B因子(A2) 蛋白主链 l 蛋白侧链 2殳L石2 寡糖残基 26 水 29 RMSD 键长(A) 0D 键角(o) 13溉汐 Ramachandran(％) 最佳允许区 8 D 额外允许区 1殳LD 2．0 A人源Al也5．GDP3，P晶体结构表明它是小G蛋白家族中独特的一员 王占堑，施亮，刘俊峰，安晓敏，常文瑞，梁栋材’ 中国科学院生物物理研究所．中国北京市朝阳区大屯路15s，100101 (dcliang(蛰,sun5．ibp．ac．cn) 之间有着40％一60％的一级序列同源性。ARL5是ARL家族的一员，他广泛地存在于 高等生物中[2】，它们的种间序列保守性很高，但是对于它们的三维结构特征和具体生理 合物在2．0A分辨率的结构【3】。通过与已知三维结构的ARF家族和触也家族蛋白的比 圆19． 2005中国科协学术年会《生物物理与t大疾病》分会 掌术交流 较，我们确认ARL5具有ARF家族的典型结构特征，同时它还具有其独特的地方。细 中起着重要作用，但是对真核蛋白的生理功能尚不清楚。修饰的3’磷酸朝向分子的溶剂 区，不参与任何成键的作用，这表明核苷酸的3’可以作为一个共价修饰位点，来进行小 分子的药物设计，来调控蛋白分子的生理功能。N端的0c螺旋表现出较强的疏水性，其 所环绕，模拟了天然肉豆蔻酰化的状态，这是首次报道的对这类小G蛋白的N端脂类 修饰所可能构象的描述。其整个分子的结构特征以及其核苷酸结合部位的两个关键motif 的序列和结构特征表明ARL5也同其他的ARF分子一样，具有典型的GDP／GTP循环， 在生命活动中起着很基础的作用。 幽一．左图是GDP3’P的电子密度图。2Fo—Fc的电子密度图在16水平上绘制。右图是ARL5表面 电势幽的GRASP模型。GDP3’P显示为球棍模型。 图二．上面是环绕在N端甘氨酸外围的去污剂的电子密度的立体图对。我们在电子密度中填入了14 个原子(10个碳原子，4个氧原子)来模拟Triton X．305的疏水尾巴。下面是人源ARL5和鼠源ARFl 的N端序列的比对图。 ofa cofactor for ofthe 【1]R．A．Kahn，A．GGilman，Purificationprotein required ADP．ribosylation stimulatory of