DNA碱基甲基化对碱基间相互作用和DNA构象以及DNA-蛋白质结合的影响.pdf

第31卷 第6期 曲 靖 师 范 学 院 学 报 Vo1．31 No．6 2012年 11月 JOURNALOFQUJINGNORMALUNIVERSITY NOV．2012 一 化学研究 DNA碱基 甲基化对碱基 间相互作用和 DNA构象 以及 DNA一蛋 白质结合的影响 杨 思娅 ，姚 立峰，余仕 问，林 雪飞 (曲靖师范学院 化学化工学院，云南 曲靖 655011) 摘 要：比较 了采用量子化学从头算方法(abinitio)计算的非甲基化一甲基化DNA碱基间的氢键和 堆积作用 ．结果表明，碱基甲基化损伤减弱了碱基间的氢键作用能，但使堆积作用能增大 ．应用 自然键 轨道(NBO)理论，分析了采用M062x／6—31+G(d，P)算法优化的C 一甲基胞嘧啶(C 一MeC)和 O。一 甲基乌嘌呤(O。一MeG)与非甲基化碱基间的氢键结构．NBO分析揭示，甲基插入0 一G，改变了授受体 作用方式，产生的空间障碍使cis一0。MeG…C的N (G)…HN (c)的距离增大，n 。、的电荷迁移能力 减小，导致cis一0。MeG…C的氢键作用能小于 anti一0。MeG…C．采用分子动力学方法 (MD)模拟 了 IBRCA基因启动子区富CpG序列中12mer的寡聚体，分析 了CpG甲基化 (mCpG)对DNA双链体构象的 影响 ．结果表明，不同位点的mCpG，对DNA双链体平面内的碱基对结构基本没有影响，但CpG段的堆 积结构参数以及DNA大小沟的宽度和深度发生了不同程度 的改变．还进一步分析了mCpG对K50型 同源域转录因子PITX2与DNA相互作用的影响．得到的结论与文献基本一致． 关键词：DNA；甲基化；NBO；CpG；分子动力学 中图分类号：0648．12 文献标识码 ：A 文章编号：1009—8879(2012)06—0094—16 特别是环上的氮、氧原子 (见图1)．根据烷基化 1 DNA碱基烷基化损伤和 C 一胞嘧啶 试剂进攻的机理，可 以把 DNA碱基烷基化分为 甲基化 SN1和 SN2两种类型 ．实验表明，甲基化试剂 MMS(SNI型)或 MNU(SN2型)与 DNA双链体 DNA常常会受到细胞内外的化学品修饰而 作用时，有 70—80％的甲基化损伤发生在鸟嘌 发生共价型改变，烷基化试剂就是这样一种化学 呤7一N位和磷酸盐骨架的氧原子 J，这种损伤 品．它们可存在于环境之中，如甲基硝基亚硝基 不改变 DNA的构象并能 自发切除_4J，对生物有 胍(MNNG)、甲磺酸甲酯 (MMS)以及甲基亚硝基 机体无太大伤害 ．在DNA双链体中，N一甲基腺 脲 (MNU)；或存在于细胞 内，如甲基授体 s一硫 嘌呤 (N一McA)是第二种最丰富的烷基化损伤， 代 甲腺苷 (AcloMet)．当这些烷基化试剂进攻 这种损伤可以阻止 DNA复制，但能够被大肠杆 DNA碱基或磷酸酯骨架时可 以引发各种类型的 菌(E．coli)中的酶AlkA和3一甲基腺嘌呤一DNA DNA损伤 ¨ J，这些损伤大多数会致细胞突变或 糖基化酶清除 。。J．还有一类是N。一甲基腺嘌呤 使细胞中毒，从而导致人体的各种疾病．其中， (N6MeA)和 N一甲基胞嘧啶(N一MeC)，由于 DNA碱基的甲基化损伤是 目前研究得最多的一 甲基插入到环外氨基氮原子上，对 DNA的标准 种烷基化损伤． Watson—Crick(WC)构象只有很小的影响，一般 由于DNA的特殊结构，DNA碱基杂