DNA结构力学分析的保结构算法和图形后处理.pdf

DNA结构力学分析的保结构算法和图形后处理1 赵维加．张光辉 (青岛大学敦学系．青岛，266071) 擅要：超细长弹性杆动力掌在DNA的平衡、稳定性等问题的研究中有重要的应用．基于Kirchhoff 动力学比拟技巧建立的DNA结构模型是以弹性杆中心线弧长为拟时间变量的微分方程组．而其超细长特 点要求长时间数值模拟．本文探讨了利用辛算法对超长细杆模型长时间计算的问题．给出了相应的算法和 效值仿真结果，并与传统的算法进行了对比分析．文中还利用KLrchhoff弹性杆模型的比拟技巧．建立了 描述超长弹性杆曲面形成饷常微分／积分方程组。给出了曲面方程的数值解法．并给出了超长弹性杆的图 形后处理的计算实例和分析． 关甓词：DNA．Kitc岫off比拟．辛算法，曲面微分，积分方程，．图形后处理算法 methodand for Symplectic post-processingalgorithmanalyzing mechanicalstructureofDNA Zlmo We,lLZlmngc,umgIlui (DepartmentofMathematiea,QingdaoUniversity,QingdaoP．R．Ch衄266071) of is used DNAs elasticslendermd in Abstract：．Dynamicalmalysissuper-long widely studying and DNAmcchaaicalstructuralbasedonKirchhofs equilibriumstability．Thc models analogueteclmique玳 differential the ofthecarveline越thevariable．BecauseofDNAs usually equationsusinglength quasi·time slender．itsstructural rime oRenleadstOstmctta锄modification super mmlysisrequires long computation,which dtm∞accumulationoftnrms．Inthis methodisintroducedto simulatethe paper,Symplcctic numerically strucnn划fc址urcsofDNA,whichshowssmlcnnal good preserving differential／integraleqmuion property．A isalso todcscrjbethesurf趾,eofthe isusedinthe numcrica／results． system given rods．which postp懒ofthe Keywords：DNA,Kirchhotrsmnho正differential／integralequatiomimagcpost analogy,Symplccfic process． ～ 一、引舌 弹性细杆模型有着广泛的实际背景．如电缆、绳索和纤维等都可以模型化为弹性细杆 讨论并已有大量的研究成果111．另外，自20世纪中期Watson和Crick提出了DNA分子的 双螺旋三维结构模型以来．关于DNA的基础理论研究不断突破