G_B88水溶液动力学性质的研究.pdfVIP

第 35卷第4期 辽宁师范大学学报 (自然科学版) Vo1．35 NO．4 2012年 12月 Journa1ofLiaoningNormalUniversity (Natura1ScienceEdition) Dec． 2O12 文章编号 ：i000—1735(2012)04—0493-06 ABEEMcrr／MM模型对蛋白质GA88／GB88水溶液动力学性质的研究 杨忠志， 王 晶晶， 刘 翠 (辽宁师范大学 化学化工学院，辽宁 大连 116029) 摘 要 ：应用 ABEEMD7c／MM(d7c水平 的原子与键 电负性均衡方法融合进分子力学)浮 动电荷模型以及显性ABEEM--7P水模型，对 G 88和 G 88两个蛋 白质分子进行 了分 子动力学模拟．分析了2个蛋 白质的动力学性质 ，包括蛋 白质的回旋半径、疏水表面积和 亲水表面积、各类原子位置的均方根偏差 以及氢键分布．通过对比水溶液和真空下 2个 蛋 白质 的回旋半径 ，表 明该模型很好地体现 了蛋 白质 的 “电致 紧缩”现象；对疏水表面积 和亲水表面积的计算表明，G 88中残基与溶剂的相互作用更强一些 ；非氢原子位置 的均 方根偏差及氢键分布情况 与实验结构相 比较表 明，ABEEMd7c／MM 浮动 电荷模型模 拟 的G 88和 G 88的结构与实验结构有很好的一致性，进 而说 明该模型的合理性和参数 的可转移性． 关键词：分子动力学模拟；浮动电荷力场；ABEEMan／MM；GA88／G 88；回旋半径 ；氢键 分布 中图分类号：O641．121 文献标识码 ：A 蛋白质动力学是研究蛋 白质静态结构和动态结构关系的桥梁．蛋 白质水溶液的动力学研究更能准 确反映生物体系 的真实性质．分子力场是研究蛋 白质性质 的一种重要手段 ，并且得 到了广泛 的应 用 [1伽．目前广泛应用的力场 ，例如 AMBER，CHARMM，GROMOS和 OPLS力场等 ，大部分采用固定 的原子中心电荷来计算体系的静 电势能，忽略了外势变化引起 的电荷转移和极化影响．杨忠志等人提 出的ABEEMaTv／MM(aTr水平 的原子与键电负性均衡方法融合进分子力场)浮动电荷模型 4【_6]，不仅包 含原子位点还根据 a键、7c键、孤对电子等位点的物理意义加入了相应的虚位点．各位点上的点电荷随 体系结构的改变而变化，比其他原子中心的固定电荷力场更恰 当地体现了体系的极化现象．该模型 已 成功应用于有机分子、蛋 白质 、核酸 以及离子一水等体系[7-93． Alexander等人从链球菌细胞壁 G蛋白的 2个结构域 G 和 G 域出发 ，给出了同源异构对 G 88 和G 88的NMR光谱结构口 ．两者在结构上有88 的一致性 ，但却有着截然不同的结构．能正确模 拟这 2个蛋 白质的结构对力场是一种考验．笔者 以这 2个体系为模型体系，应用 ABEEMarr／MM 和 ABEEM--7P水模型进行了显性水中的分子动力学模拟．通过对水溶液 中的一些性质分析表 明，该模 型的结果与实验数据有较好的一致性，为进一步研究其折叠机理奠定 了一定的基础． 1 模型及体系 1．1 理论模型 在ABEEMa丌力场中，分子总能量表示为： 收稿 日期 ：2012—05—18 基金项 目：国家 自然科学基金项 目20633050) 作者简介 ：杨忠志(1940一)，男 ，吉林舒兰人，辽宁师范大学教授 ，博士 ，博士生导师 第 4期 杨忠志等 ： ABEEM ／MM模型对蛋 白质 G 88／G 88水溶液动力学性质的研 究 495 的力 ，把键和孤对 电子的电荷重新回归到相应的原子上．模拟时问为 3ns，平衡时间为0．3ns．所有计 算在 Linux系统下运行． 2 结果与讨论 2．1 回旋半径 一 个体系的回旋半径 (R )定义为体系中每个粒子离体系质心距离的几何平均值．对于具有相 同 粒子数 目的体系 ，R 反映了粒子结合的紧密程度．粒子结合得越紧密 ，则R 越小．截去两端无规则残 基的G 88和 G 88，回旋半径的实验值分别为10．013、10．302A．利用