一个拮抗灰葡萄孢菌的AMP核苷酶基因的生物信息学分析.pdfVIP

第25卷 第 1期 黑 龙 江 八 一 农 垦 大 学 学 报 25(1)：3236 2013正 2月 JournalofHeilongjiangBayiAgriculturalUniversity Feb．2013 文章编号：1002—2090(2013)01—0032—05 一 个拮抗灰葡萄孢菌的AMP核苷酶基因的生物信息学分析 贾立君 ，李凤霞 ，马汇泉 (1．黑龙江省农业科学院佳木斯分院 佳木斯；2．山东理工大学生命科学学院) 摘 要：运用生物信息学工具和软件对一个从土壤宏基因组文库中获得的AMP核苷酶基因进行初步预测和分析 ，该基因的最 大开放阅读框为612bp，编码 203个氨基酸，预测的蛋白质分子量为22．1867kDa，是一个小分子量疏水性脂溶蛋白，含有5 个蛋白激酶 C磷酸化位点，1个酪蛋白激酶磷酸化位点，3个 N一豆蔻酰化位点 ，这些位点均与细胞内信号传导、蛋白定位以及 黏附等过程有关，推测该基因可能在拮抗灰葡萄孢菌过程的信号转导和分子识别中发挥重要作用。 关键词：宏基因组文库；灰葡萄孢菌；拮抗基因；生物信息学分析 中图分类号：Q781 文献标识码：A BioinformaticsanalysisononeBotrytiscinerea-resistedAMPnucleosidasegene JiaLijan1,LiFengxia2,MaHuiquan2 (1．JiamusiBranchofHeilongjiangAcademyofAgriculturalSciences，HeilongjiangJiamusi； 2．SchoolofLifeScienceShanDongUniversityofTechnology) Abstract：ThegenecodingAMPnucleosidaseisacquiredfrom soilmetagenomiclibraryanditsgeneticinformationisanalyzedby bioinfonnaticstechniques．SequenceanalysisshowsthattheDNAis1033bplongwith1biggestopenreadingframe (612bp) coding203aminoacids．Thecodingproteinisahydrophobiclow-molecular—weightfatsolublestableprotein，including5protein kinaseC phosphorylationsites，1caseinkinaseIIphosphorylationsiteand3N-myristoylationsites．Thesesitesarerelatedtocell signaling，proteinlocalization and adherenceincel1．Th us，weproposethatin theprocessofresistingBotrytiscinereatheAMP nucleosidasegenemayplayanimportantroleincellsignalingandmolecularrecognition． Keywords：metagenomiclibrary；Botrytiscinerea；antagonistgene；Bioinformaticsanalysis 近年来 ，人们陆续通过宏基因组技术，筛选到新 土壤宏基因文库中的9克隆子的测序结果，对其进 的生物素合成操纵子、脂(酯)酶、琼脂糖酶、甘油脱 行生物信息学分析，为进一步研究该基因对灰葡萄 水酶、蛋白酶和抗菌化合物及合成酶基因簇 。刘 孢菌的拮抗机理提供一定的理论基础。 舒等人通过构建番茄灰霉病病株根际土壤宏基因组