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一个时序基因表达数据聚类算法的改进 陈曙亮 周水庚 复旦大学计算机科学与工程系上海200433 {0056057，sgzhou}@fudan。edu。cn 摘要：通过分析一个交互挖掘时序基因表达数据相关模式与共表达基因组算法的缺陷，提出：1)利 用统计方法对时间点进行相关性检验和使用主成分分析消除这种相关性，2)利用相关模式指导共表达基因 挖掘。实验结果证实了对原算法的这些改进是有效的。 关键词：基因表达数据挖掘相关模式共表达基因组 onA ofTime—series Improvements ClusteringAlgorithm Gene Data Expression Chen Zhou shuliangshuigeng Scienceand Dept．ofComputer Engineering,Fudan University,Shanghai，200433 {0056057，sgzhou}@fudan．edu．cn Abstract：Inthis an the of interactive tofindcoherent paper,weanalyzedisadvantages exploration algorithm intime-seriesdata,and to results out testontime patterns proposeimprove clusteringbycarryingdependence and the basedon methods pointseliminatingdependenceprincipalcomponentanalysis．InteractiVeexploration solvesthe ofthe bordersthe it isnotConvenienttoevaluatetheeffectivenessof problemvague amongclusters，but the this anovel tosolvethe results miningalgorithm．Toend，wepropose algorithm problem．The experimental showtheeffectivenessofour strongly proposedimprovements． data coherent Keywords：Geneexpressionmining patternCO-expressedgenes 1．引言 近年来，DNA微阵列技术的出现为有效开展基因表达数据的实验研究起了关键性作用 [1]。我们可以高效地收集到大量不同条件下的基因表达水平数据s数据挖掘中的聚类技术 已被公认为进行生物表达数据分析的有力工具。 et Jianga1．[2]利用人机交互的聚类算法来寻找原始时序基因表