分子进化与系统发育题材.ppt

Orthologs Paralogs(直系同源与旁系同源） 进化树的可靠性分析 单纯由预先获得的多序列比对结果数据所推导出的进化树有时并不一定可靠。 改进办法：引进一些统计分析来寻找更优的进化树，检验结果的可靠性。 最常见的就是bootstrap评估。 第五节 系统发育分析软件介绍 相关软件 Phylip软件包介绍 由华盛顿大学遗传学系开发，免费的系统发育分析软件包。 目前最广泛使用的系统发生分析程序，主要包括以下几个程序组：分子序列组，距离矩阵组，基因频率组，离散字符组，进化树绘制组。 访问及免费下载地址：/phylip.html Phylip软件包介绍 Phylip包含了35个独立的程序，这些独立的程序都实现特定的功能，这些程序基本上包括了系统发生分析的所有方面。 多种不同平台的版本（包括windows，Macintosh，DOS，Linux，Unix和OpenVMX）。 Phylip软件包的文档是非常详细的，对于每个独立的程序，都有一个独立的文档，详细的介绍了该程序的使用及其说明。 Phylip软件包的应用 1，根据你的分析数据，选择适当的程序 如，你分析的是DNA数据，就在核酸序列分析类中选择程序（dnapenny，dnapars，dnamove，dnaml，dnamlk，dnainvar，dnadist，dnacomp ） 2. 选择适当的分析方法 如你分析的是DNA数据，可以选择简约法（DNAPARS），似然法（DNAML， DNAMLK），距离法等（DNADIST）。 3. 进行分析 选择好程序后，执行，读入分析数据，选择适当的参数，进行分析，结果自动保存为outfile，outtree。 Phylip软件包的应用 outfile是一个记录文件，记录了分析的过程和结果，可以直接用文本编辑器（如写字板）打开。 outtree是分析结果的树文件，可以用phylip提供的绘树程序打开查看，也可以用其他的程序来打开，如treeview等。  第一步：使用CLUSTALX多序列比对，输出格式为 *.PHY 输出的*.PHY文件： 8和50分别表示8个序列和每个序列有50个碱基  第二步：双击打开SEQBOOT ,按路径输入刚才生成的 *.PHY文件；设定适当参数；输出outfile文件。 重命名Outfile文本文件为Outfile1，打开如下： （包括了100个replicates） 第三步：打开PROTPARS（最大简约性法），输入Outfile1文件后如下显示： 设定适当参数；运行输出outfile和treefile文件。 重命名Outfile文本文件为Outfile2，打开如下： （包括了100个replicates的结果） 获得的结果文件中，文本文件outfile3显示如下： 树文件outtree3.tre用TREEVIEW软件打开显示： MEGA 4.0: 下载及安装 / 例：PKA家族的系统发育分析 FASTA格式 多序列比对：MUSCLE /muscle/ MUSCLE：使用说明 .aln转换成MEGA文件格式 选择类型：蛋白质序列 选择NJ法构建进化树 Gap处理：两两删除 检验：Bootstrap 外围支选择：EcORF708 MP构建进化树 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 现有8段protein序列： P1 MPRFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLE P2 MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSDLQIQCQLE P3 WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKIGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE P4 MPCFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLE P5 MPRFEANLSMEFTAVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLE P6 MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE P7 MPRFEANLSMEFTEVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLE P8 WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE 示例：Phylip软件包构建进化树 第四步：打开CONSENSE程