基于逐点插入的Delaunay四面体剖分并行算法研究.docVIP

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基于逐点插入的Delaunay四面体剖分并行算法研究.doc

基于逐点插入的Delaunay四面体剖分并行算法研究   Delaunay四面体剖分凭借生成网格的高质量性和良好逼近性,其并行网格生成技术备受业界关注。以逐点插入思想的Delaunay四面体网格剖分串行算法为基础,采用“网格生成串行算法+新并行策略”的方式,提出一种基于数据并行的Delaunay四面体剖分并行算法。同时在Linux+MPI平台上实现上述并行算法,取得了良好的计算效率。   【关键词】Delaunay三角剖分 网格生成 并行算法 并行策略   1 引言   随着大型并行计算机软硬件技术的快速发展,网格剖分并行技术已成为科学工程计算领域研究的热点之一。Delaunay三角剖分是三维空间数值模拟阶段最基本的逼近单元和3D复杂对象可视化处理中最佳离散形式,剖分得到Delaunay三角网格具有良好的数学特性与优化特性。   基于逐点插入思想的Delaunay三角剖分,构成的网格唯一性、网格质量都较好,并且满足Delaunay三角剖分的空圆准则,具有较高的执行效率。而基于逐点插入的Delaunay四面体剖分内部的并行,耦合性是制约其并行效率的主要瓶颈,例如BW并行算法中插入点的冲突问题导致处理器之间较高的通信耗时,这是决定BW并行算法高低的主要因素。Yagawa等提出的自由网格法(free mesh method.FMM),有效的规避了耦合性的限制,充分利用网格的局部特性,适合大规模并行计算、负载均衡,不过局部网格生成的质量是决定剖分优劣的关键因素。地球物理勘探中,野外地层块实体断层之间耦合性很小(如图1所示地震层块体显示),并且可以通过野外放炮、检波一系列手段获取各个层面的数据点坐标,针对于此本文结合逐点插入算法和自由网格方法,提出了一种基于数据并行的Delaunay四面体剖分并行算法,此算法有效缩短了数据点同时插入时通信耗时,提高了网格剖分效率。   2 逐点插入Delaunay四面体剖分串行算法设计   本文提出的并行算法基于逐点插入算法,在此首先给出基于逐点插入的四面体剖分串行算法的具体实现过程。   2.1 数据结构   定义三种数据结构Point结构、Tetrahedral结构、Circumscribed sphere结构,数据结构具体定义如下:   2.1.1 点Point   三维情况下的数据点用二维数组node[i]存储:记录第i个点的横坐标、纵坐标、竖坐标。   2.1.2 四面体Tetrahedral   四面体信息存储在四面体信息矩阵中:tera_info[i],分别存储第i个四面体四个顶点编号和第i个四面体四个外邻四面体编号。   2.1.3 外接球Circumscribed sphere   三维Delaunay逐点插入算法在执行的过程中要不断搜索四面体外接球的信息,需要记录下外接球的圆心坐标与半径,用二维数组存储:tetra_circum[],存放第i个四面体外接球的球心横坐标、纵坐标、竖坐标、四面体外接球半径。   2.2 算法流程图   三维逐点插入Delaunay四面体剖分串行算法在本文中用于子块体网格剖分,具体实现过程如图2所示。   3 逐点插入Delaunay四面体剖分并行算法设计   3.1 并行算法基本思想   首先对三维数据点限定在一个规则的长方体,然后将大块体分割为多个子块体,每一个子块体含有上下两层数据点(相邻两个子块共享一层数据),对每一子块体针对上下两层数据点采用三维逐点插入Delaunay剖分串行算法进行四面体网格生成。然后合并子块剖分之后得到的局部四面体网格,得到整体Delaunay四面体网格,如图3所示。   3.2 并行算法采用的并行策略   将大块体按层分解为多个子块体,同时每一层数据点存储在一个数据文件中,以下给出相关实现。   MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,rank);   MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,size);   //为实现负载均衡,采用交叉数据分解方法   for(int i=rank;ilayer-1;i=i+proceSize)   //layer是大块体被分成子块之后包含的总层数,proceSize启动的进程的总数量。   { Delaunay_3d::read_data(fileName[i],node);   //fileName[]中存储的是多个数据文件名称,一个数据文件储存一层三维点坐标信息。   Delaunay_3d::read_data(fileName[i+1],node)   //读取第i与第i+1两相邻层数据,将数据点信息存储于二维数组node[][]中   Delaunay_3d::dela

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