基于蛋白质翻译后修饰鉴定软件的两类并行优化模式+实现与比较.pdfVIP

2008年伞围高性能计算学术年会 基于蛋白质翻译后修饰鉴定软件的两类并行优化模式 实现与比较 涂强1‘2郎显宇1陆忠华1迟学斌1 (1中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心北京 1f)0190) (2中国科学院研究生院北京 10()1}49) (E cn) mali：mqiang@sccas 摘要：在生命体复杂的生命过程中，蛋白质翻 件，它们都利用数据库搜索方法，但对翻译后修 饰的鉴定还存在局限性，这类软件只能对预设置 译后修饰(PTMs)的调控作用尤为关键当前， 的修饰种类进行鉴定。InsPecT”有效地结合了两 对于蛋白质翻译后修饰的鉴定无疑已成为计算 种方法，并引入了先进的盲搜索算法 蛋白质组学的重要任务，InsPecT软件因能盲搜索 MS—Aligninent”J，取消了以往软件在鉴定时对翻 鉴定蛋白质翻译后修饰而备受瞩目，但其计算时 译后修饰种类的限制，从而可以鉴定m所有的翻 间复杂度之高却是应用的主要瓶颈，我们针对 译后修饰，甚至发现新的修饰种类。：然而，InsPecT 本身的串行版本无法胜任实验室每天不断生成 InsPecT软件分别实现了对等和主从两种模式的 并行优化方案．．比较结果显示，主从模式并行的 的海量数据，开发高效的并行版本以加速分析是 生物学家的迫切需求。 P—InsPecT软件，因采用了有效的数据动态分配 方法与主从处理器及时响应方式，维持了更优的 2 InsPecT软件流程 负载平衡，加速效果突出、 关键词：蛋白质翻译后修饰 计算蛋白质组学 InsPecT是由加利福尼亚大学圣地亚哥分校 InsPecT Pavel等人开发的开源软件，是一种处理串联质谱 盲搜索 对等模式 主从模式 PInsPecT 实验结果的■‘具、它通过将质谱图谱与蛋白质数 掂库进行对比，找m蛋白质数掂库中能够最好解 1 引 言 释该图谱的蛋白质序列，并计算这个匹配的『F确 率。下面是软件的基本流程： 蛋白质翻译后修饰，是指在mRNA被翻译成 ·程序初始化。处理输入文件，读取质谱数 蛋白质后，对蛋白质上个别氨基酸残基进行共价 据、蛋白质数据库，以及蛋白质翻译后修饰参数 修饰的过程。蛋白质翻译后修饰在生命体中具有 文件；为程序运行分配内存空间； f‘分重要的作用，它使蛋白质的结构更为复杂， ·质谱数据预处理。过滤质谱噪声，提取真 功能更为完善，调节更为精细，作用更为专一， 实谱峰，并对提取的谱峰打分； 从而赋予人类生命过程更多的复杂性。”。对蛋白 ·获取氨基酸短序列片断(sequencetags)。 质翻译后修饰的鉴定是目前进一步研究的首要 利用DeNova方法提取具有较高可信度的氨基酸 任务，也是计算蛋白质组学”】的一个重要分支、 当前，根据串联质谱4“】的结果进行修饰鉴定的软