某基因的生物信息学分析方法.ppt

* Pfam /search/sequence * * * SMART http://smart.embl-heidelberg.de/ * * * * * 文件—>打开—>找到氨基酸序列文件—>打开 * 蛋白质—>疏水性轮廓—>当前序列 * * ProtFun http://www.cbs.dtu.dk/services/ProtFun/ * * * * Thanks for your time * Align-?edit/build Alignment * 注意此时将终止密码子去除。方式：鼠标左键选中，然后按后退键 注意此时修改序列名称，因为后面有个软件要求序列名称不超过10个字符，且序列名称与序列之间空格不少于2字符，所以将名称修改成物种名即可，方式：右键—编辑序列名称 * Alignment >Align by ClustalW（Codons）或者Align by Muscle（Codons） Data-?Export Alignment?FASAT Format?保存成名为：XX.fas File?open standard sequence file?打开名为xx.fas的文件 File?Save or Convert Sequence Format(建议选择PAML格式)?保存为名为xx.PML的文件 * G、把转换后的数据文件xx.PML和PAML子程序yn00.exe和它的控制文件yn00.ctl放到相同的工作文件夹中； 右键点击yn00.ctl，打开方式选记事本 文件—>保存?关闭窗口 * 打开输出文件xx-result.txt，即可查看结果。 在文件夹中双击yn00.exe； * 1、ka/ks的计算步骤： A、安装PAML、MEGA和DAMBE软件； B、从MEGA软件中的File中导入需进行比对的序列文件，点击Align（要求核苷酸序列是三的倍数，没有终止密码子，核苷酸序列的第一位是密码子的第一位）； C、在新打开的窗口中的Alignment按钮中选择序列比对的方法（可选择Align by ClustalW（Codons）或者Align by Muscle（Codons））； D、在新窗口中的Data按钮中选择序列比对结果的输出方式（建议选择Fasta格式）； E、打开DAMBE中的File按钮导入序列比对文件(选择open standard sequence file)； F、在DAMBE中的File按钮把文件转化成所需要的格式进行输出(选择Save or Convert Sequence Format,建议选择PAML格式,虽然phylip格式和nexus格式也可被PAML有条件的识别，但要按照PAML的要求进行改造：a、序列名称需不超过10个字符，b、序列名称和序列之间需有2个以上的空格间隔，c、如果是层叠式数据，需要加上I进行注释，其余类别数据同理处理)； G、把转换后的数据文件和PAML子程序yn00.exe和它的控制文件yn00.ctl放到相同的工作文件夹中； H、对yn00.ctl文件的输入、输出项根据自己的输入、输出文件名进行相应修改； I、打开命令行，把当前目录调整到工作文件夹中，输入yn00； J、打开输出文件，即可查看结果。 * * http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_sopma.html * * file—>open * * analysis->protein->motif search * * * * * Swiss / * * * * * * NCBI CD-Search /Structure/cdd/wrpsb.cgi * 对某基因一些简单的生物信息学分析方法 牛志伟 * 所需用到的软件： DNAman 6.0； Bioxm； MEGA; DAMBE; PAML; Matlab; * Database Website NCBI Gene Database Goat /GGD/ EMBOSS Nc Value http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/chips EMBOSS CUSP http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/cusp EMBOSS CAI http://emboss.bioinformatics.nl/cgi-bin/emboss/cai Swiss / NCBI CD-Search /Structure/cdd/wrpsb.cgi Pfam /search/sequence SMART http://smart.embl-heidel