新一代测序专为病理学实验室量身打造.pdfVIP

培训资料 新一代测序 病理学 Dako Agilent Pathology Solutions 新一代测序： 专为病理学实验室 量身打造 病理学 新一代测序 前言 分子诊断是医学诊断和疾病分类的重要手段，且 NGS 涵盖了一些不同的方法，相比 Sanger 测序， 越来越多地应用在癌症的个体化医疗领域 (1) 。 这些方法都具有更高的通量，DNA 测序成本更 随着对肿瘤潜在的遗传改变的认知的扩展，最 低。仪器每次运行将产生超过十亿的短读出序 新的研究揭示了一系列有治疗指导意义的基因 列，从而提供快速、经济而准确的基因组信息 突变及其他可进行靶向治疗的遗传改变 (2)。这 (8)。目前最常见且广泛使用的 Illumina 平台通过 类突变主要有胃肠道间质瘤中的 KIT 突变 (3) 、 合成进行 DNA 测序，该方法采用改进的鸟枪测 肺癌中的 EGFR、KRAS 和 ALK 突变 (4) 以及黑色素 序法，并对碱基加上荧光染料。使用 NGS 技术 瘤中的 BRAF 突变 (5) 等。基因拷贝变异和结构变 可以进行靶标区域测序、全外显子组测序和全 异（如易位）对诊断和预后也十分重要 (6) 。等 基因组测序 (7)。 位基因特异性聚合酶链反应 (AS-PCR) 、Sanger 双 脱氧测序、焦磷酸测序、多重连接依赖性探针 新一代测序—全基因组测序 (WGS) 扩增 (MLPA) 或质谱 (MS) 等小规模方法是目前仅 全基因组测序 (WGS) 可对人基因组中的蛋白质编 有的几种识别此类基因突变的方法。个别细胞 码和非编码区域进行分析，是同时检测全基因 遗传学实验室常采用荧光原位杂交 (FISH) 技术测 组中置换、重复、插入、缺失、基因和外显子 定基因拷贝数和结构变异。 拷贝数变异以及染色体倒位和易位的最全面的 方法。然而，WGS 成本较高，对计算机的数据 存储和处理性能要求高，且方法通量较低。WGS 什么是新一代测序？ 得到的序列覆盖深度通常较低，因此限制了低 近年来，随着需要伴随诊断的新分子靶向治疗 丰度突变检测的灵敏度 (9)。由 WGS 检测到的绝 技术的发展以及用于辅助诊断和预后的实用分 大多数基因组变化的临床意义不明。 子生物标记物不断增多，对检测的需求也在日 益增长。组织切片的尺寸在变小，因此需要对 新一代测序—全外显子组测序 (WES) 越来越少的组织进行越来越多的检测。此时， 外显子组仅占人基因组的 1.5% ，但却包括了 每次仅检测一个或少数几个生物标记物的技术 85% 的致病突变 (10)。全外显子组测序 (WES) 检 已经不再适用。新一代测序 (NGS) 可利用更小的 测人基因组中的所有蛋白质编码区域。使用该 组织检测更多的癌症基因组合，从而满足上述 方法进行测序时，先要将 DNA 片段在溶液中与 需求 (7)。 整个基因组中全部蛋白质编码外显子组对应的 序列特异性捕获探针进行杂交。WES 可