Affymetrix基因芯片技术在转化医学中的应用.PDF

Gene Express 基因快讯2011年第1期 Affymetrix基因芯片技术在转化医学中的应用 摘要：转化医学 （translational medicine ）已成为当前医 /疟原虫、猪、恒河猴、大鼠、金黄色葡萄球菌、爪蟾、 药学界迅猛发展的新兴领域之一，从临床工作中发现和 酵母和斑马鱼等。其中鸡表达谱芯片不仅可以检测鸡的 提出问题，进行深入基础研究，然后再将基础研究成果 mRNA表达，同时可以检测禽类17种病毒的684个基因的 快速应用于临床，最终惠及广大患者。基因芯片技术是 表达。而恒河猴表达谱芯片可以检测恒河猴和灵长类病毒 一种有效的基础和临床医学研究方法，它利用核酸杂交 的基因表达。诸多科研工作者利用表达谱芯片，通过对已 的原理，在固体支持物上一次检测几万种基因表达水 经鉴定的基因及其剪接体表达水平的检测，已经发表了大 平或者百万个DNA遗传标记，如SNP （single nucleotide 量论文，并且还有用表达普芯片找到疾病易感基因的报 polymorphism ，SNP ）、即单核苷酸多态性，以及CNV 道。 （copy number variations，CNV ）、即拷贝数变异，具有 A ffy m et r ix 的SN P 及CN V 芯片可以用于在全基因 传统方法无可比拟的高通量特点。因此，基因芯片技术 组水平上寻找人类疾病或其他性状的相关基因，即用 为科研工作者了解生命复杂体系提供了强大技术平台。 于医学遗传学的连锁分析(linkage ，10/ 50K)和关联分析 而Affymetrix公司又是这一行业的佼佼者，其产品在病理 (association ，100/250/ 500K/ 1000K) 。由于SNP是比STR 研究及其诊断方面发挥着重要的作用。 （short tandem repeat, STR 短串联重复序列）密度高很多 的分子标记，因此与STR技术做连锁分析(linkage)来寻找 一、转化医学 疾病/性状相关基因相比较，100/250/500K/ 1000K SNP芯 转化医学强调基础研究与临床应用之间的紧密结 片技术做关联分析(association)可以精确地将特定基因与 疾病/性状直接关联起来，找到疾病/性状的基因。SNP芯 合，实际上重申了 “理论联系实际”这一古老的科学原 片推出四年来，已经发表了很多研究文献，这些文献涉及 则。这种新的医学研究模式倡导以患者为中心，从临床 疾病/性状相关基因寻找( 即linkage analysis和genome wide 工作中发现和提出问题，进行深入基础研究，然后再将 association) ，群体遗传学(population genetics) ，染色体拷 基础研究成果快速应用于临床，最终惠及广大患者。目 贝数变化分析(chromosomal copy number changes during 前，转化医学研究在发达国家已初具规模。基因芯片现 cancer progression ，即染色体缺失、扩增和LOH) 。 目前， 已成为生物医学研究和临床诊断中的重要应用工具。在 在全球范围内已经有数百个大学、研究