使用Entrez信息查询系统检索核酸序列NM_000230.docx

青岛农业大学实验报告课程 基因与蛋白质组学数据分析 实 验 名 称常用数据库与文件格式及数据获取院系 生命科学学院 实 验 日 期8.24 ，8.26专业班级 生技1301 实验报告日期 8.26姓名 位书磊 学号验目的和要求掌握常用的生物信息学数据库的类型掌握常用的分子数据的格式；强化培养计算机操作能力和网络搜索能力。掌握基因、核酸序列、蛋白质序列的查询方法掌握基因组数据的查询方法实验内容和实验步骤1.NCBI数据库查询及Genbank数据格式1)Entrez (/Entrez/)查询输入所查询的物质编码或英文名称2）查询编码拟南芥（arabidopsis）phyE（光敏色素E）基因的核酸序列 2. EMBL(UniProt)数据格式实验结果分析如下1~7实验总结通过本次试验，我初步掌握了常用的生物信息学数据库的类型和常用的分子数据的格式；也让生物信息搜索对我来说不再神秘。同时我还掌握了基因、核酸序列、蛋白质序列的查询方法和基因组数据的查询方法。为我以后实验数据查询奠定了良好的基础。同时也加强了对英语的应用。序列类型mRNA (= cDNA)rRNAsnRNADNA1定义 (标题)数据库标识符修改日期子库检索号序列形状序列长度Locus名字评论发表论文信息作者标题特征表与其他数据库的链接Database Identifiersgb GenBankemb EMBLdbj DDBJsp Swiss-Protpdb protein databankpir PIRref RefSeq序列本身Accession numberGi number2.核酸序列： FJ039904蛋白质检索号：FJ039904.1426aa3.检索号： AB0119685816bp520aa or 540aa4. 位于14号染色体 14q24.3检索号：NM-0212571885bp151aaFASTA格式：giref|NP_067080.1| neuroglobin [Homo sapiens]5. genbank: 187066846 loci, 199823644287 bases, from 187066846 reported sequences UniprotrEMBL,549008Swiss-prot PDB:111558个蛋白质结构1）// BioSino 中国生物信息2）// /北京基因组研究所3）// /重庆邮电大学生物信息学研究所4）//? 北京大学生物信息学中心5）/pages/source-bioinfo.htm/pages/source-bioinfo.htm 中国生物信息学资源导航1）欧洲生物信息学研究所Ensembl基因组浏览器：http://www.ebi.ac.uk/ensembl/index.html?2）欧洲生物信息学研究所Thornton研究组：http://www.ebi.ac.uk/Thornton/index.html?3）欧洲生物信息学研究所多序列联配数据库:?http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.htmlhttp://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/alignment.html?4）欧洲生物信息学研究所工具箱:http://www.ebi.ac.uk/Tools/http://www.ebi.ac.uk/Tools/?5）欧洲生物信息学研究所核酸数据库:http://www.ebi.ac.uk/Databases/nucleotide.htmlhttp://www.ebi.ac.uk/Databases/nucleotide.html?6）欧洲生物信息学研究所计算基因组研究组:http://www.ebi.ac.uk/research/CGG/index.htmlhttp://www.ebi.ac.uk/research/CGG/index.html?7）欧洲生物信息学研究所完整基因组数据库:http://www.ebi.ac.uk/genomes/http://www.ebi.ac.uk/genomes/?8）欧洲生物信息学研究所序列数据库研究组:http://www.ebi.ac.uk/seqdb/index.htmlhttp://www.ebi.ac.uk/seqdb/index.html?9）Brutlag生物信息学研究组：/?10）生物GBF信息学小组主页：http://transfac.gbf.de/?11)Pune大学生物信息学中心：http://bioinfo.ernet.in/?12)林奈斯生物信息学中心：http://www.lcb