单晶X射线衍射实验讲解.doc

X-射线单晶衍射实验 一．实验目的 1．了解和掌握化合物形成晶体的条件和。 2．了解单晶衍射仪的工作原理及其结构，晶体解析的基本步骤和原理。 3．理解晶体结构数据的意义，掌握晶体结构作图。 二．单晶衍射仪的工作原理及其结构 功能介绍 X射线衍射在材料学、化学、矿物学及晶体学中有着及其重要的作用，它是研究一切结晶物质结构和物相的主要手段。单晶结构分析应用范围十分广泛，凡是可获得单晶体的样品均可用于分析。该方法样品用量少，只需0.5mm大小的晶体一粒，即可获得被测样品的全部三维信息，结构包括原子间的键长、键角、分子在晶体中的堆积方式，分子在晶体中的相互作用以及氢键关系、π-π相互作用等各种有用信息。单晶结构分析是有机合成、不对称化学反应、配合物研究、新药合成、天然提取物分子结构、矿物结构以及各种新材料结构与性能关系研究中不可缺少的最直接、最有效、最权威的方法之一。 单晶X射线衍射仪用以测定一个新化合物（晶态）分子的准确三维空间（包括键长、键角、构型、构像乃至成键电子密度等）及分子在晶格中的实际排列状况。它广泛用于化学、分子生物学、药物学、物理学、矿物学和材料科学等方面的分析研究。可用于中小分子直至大分子晶体的分子结构分析、绝对构型测定及精密电子密度测定；对孪晶、微小晶体有优良的适应性。对研究结构与性能及生物活性的关系，以及新材料的设计提供可靠的基础。 SMART APEX CCD 单晶衍射仪的工作原理 图1 四园衍射仪结构示意图 CCD X射线单晶衍射仪具有四圆单晶衍射仪的欧拉衍射几何结构，它由加工精度极高且旋转轴交于一点的四个圆组成。这四个圆分别称为φ、ω、χ和2θ圆,见图1。φ圆是测角仪头上绕安置晶体的轴自转的圆，旋转角称为φ角；χ圆是安放测角头的垂直大圆，测角头可在此圆上运动，其轴是水平方位的，旋转角称为χ角，在SMART CCD 衍射仪中此角固定为54.7o；ω圆是带动垂直的χ圆转动的圆，旋转角称为ω角；2θ圆是与ω圆同轴只带动探测器转动的圆，用于测量θ角，并收集强度数据。φ和χ的作用是用于调节晶体的取向，使晶体的某一组点阵面转到适当的位置，ω、和2θ圆是使晶体旋转到能使该点阵面产生衍射的位置，并使衍射线进入探测器接收范围。仪器在工作过程中，通过四个圆的配合，将晶体中的对应倒易点阵点，旋转到衍射平面并与反射球相碰，通过探测器检测到所有衍射点的衍射角和强度。 四圆共有3个轴，这三个轴与入X射线在空间上交于一点，晶体安放在交点上。除三个轴以外，测角仪还有一个实验坐标系，其原点为各轴的交点，采取右手坐标系，当各圆处于零位时，取ω、和2θ圆的轴为Z轴，入射X射线方向为X轴，按右手定则，在2θ＝90度的方向为Y轴（图1）。 研究应用 1).晶体结构的成功测定，在晶体学学科的发展上起了决定的作用使晶体的许多特性得到了解释如晶体能自发长成多面体外形(自范性)，如立方体的食盐等，又如晶体各种物理性质(光性，导热性等)的各向异性和对称性等等。 ).晶体结构的测定使性能的异同从结构上得到了合理的解释。如石墨因是层状结构，层间结合力差，故较软，而金刚石为共价键形成的骨架结构，故结合力强，成为最硬的材料。 ).人工合成天然产物，从天然产物中提取有效成分晶体结构的测定进一步将从天然产物中提取的方法改变为人工合成，使有可能大量制造，提高了产量、降低了成本、造福于人类。这种基于结构，设计出合成路线，工业制造的方法在染料，香料等许多工业部门都是广泛使用的。 ).开发新药物，基于结构的、合理的药物设计根据结构设计结构上匹配的、合适的药物，来保护病毒和人体的结合点，或阻断病毒的自身繁衍，从而避免感染或控制其繁衍，而不使疾病发展。 SMART APEX II CCD单晶衍射仪的 ? 衍射数据收集速度 在传统的CCD设计中，总闪烁计数器接收的X光光子约有90%被光学纤维锥体吸收而损失掉。而对于SMART APEX CCD来说， CCD与闪烁计数器直接相连。使灵敏度大大提高，有利于微小晶体的数据收集。一般的SMART CCD系统是 17电子/Mo X射线光子，而SMART APEX CCD 能到达91电子/Mo X射线光子。由于用于记录X射线衍射强度的光学纤维面板是一个平面，则测角仪上的OMEGA及PHI轴转动时，倒易点阵中的一系列衍射点会与反射球壳相碰。与四元单晶衍射仪相比较，衍射数据收集速度得到了大幅度提高。 　 图2 Smart CCD Overview 图3 SMART APEX-CCD探测器 ? 射线：α = 0.71073 ?。 ? 探测技术：（IP）CCD探测器（面） 图4 SMART APEX-CCD探测器显示的衍射点 三、单晶样品制备 单晶的概念及识别 单晶的晶体结构特征、几何外型特征、光学性