分子生物学基础及基因检测技术-2016合编.pptx

分子生物学基础及基因检测技术 基因的基本概念 人体-组织-器官-细胞-细胞核-染色体-DNA-基因 基因检测的基本原理和检测技术简介 基因芯片技术的优缺点分析和未来发展 主要内容 ？ ？ ？ ？ ？ 。。。 206块骨头、650条肌肉、100多个关节 3亿个肺泡，体积为米的十分之一 每昼夜跳动十万次，每天排出9000升血液，血管长约9000多公里 平均重1.2公斤，体积1.5立方分米，150亿个单元，耗能功率10w，信息容量10^15比特 大数据 神奇的人体 人体九大系统（Nine human body system） 消化系统 骨骼系统 淋巴系统 呼吸系统 肌肉系统 内分泌系统 循环系统 神经系统 生殖系统 器官（Organ） 由几种不同类型的组织联合形成的，具有一定的形态特征和一定生理机能的结构。 组织（Tissue） 由形态相似，结构、功能相同的细胞和细胞间质联合在一起形成的细胞群叫做组织（tissue） 细胞-人体结构和功能的基本单位 遗传深度压缩的聚合体-染色体 等位基因，在同一基因座上、但来源不同的同一基因 单倍型，是指同一染色体区域中相互连锁的两个不同的基因位点 等位基因和单倍型 生物主要的遗传物质-DNA 基因是有遗传效应的DNA片段 Gene 遗传中心法则（genetic central dogma） 单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNPs）：单核苷酸多态性指在基因组中不同个体的DNA序列上的单个碱基差异。同一位置上的每个碱基类型叫做一个等位位点。 单核苷酸多态性（SNP） 甲基化（?methylation） 胚胎发育早期多处于高甲基化状态 甲基化（?methylation） 人体四种组织：上皮组织、结缔组织、肌肉组织和神经组织 细胞是人体结构和功能的基本单位 染色体：由DNA和蛋白质构成 基因是有遗传效应的DNA片段 甲基化是调控基因表达的一种方式 小结 基因检测的基本原理和检测技术简介 基于构象的检测方法 测序 实时荧光PCR 以杂交为基础（基因芯片） 内切酶技术 光谱和电子信号 其他方法，如磁性纳米技术、飞行质谱等 双脱氧末端终止法 (Sanger 测序法) 1970s 同位素标记，手工 1980s 荧光标记，自动 1990s 毛细管电泳 合成测序法（第二代测序） 焦磷酸测序（Pyrosequencing, Roche/454） 合成测序（Sequencing-By-Synthesis, Illumina/Solexa） 连接测序（Sequencing-By-Ligation, ABI/SOLiD） 单分子测序技术（第三代测序） Helicos Pacific Biosciences Oxford Nanopore 测序技术的发展历史 测序费用不断降低 Sanger法DNA测序的原理 双氧核苷三磷酸（ddTBP）作为链终止剂 在DNA合成反应混合物的4种普通dNTP中加入少量的一种ddNTP后， 链延伸将与偶然发生但却十分特异的链终止展开竞争，反应产物是一系列的核苷酸链，其长度取决于从用以起始DNA合成的引物末端到出现过早链终止的位置之间的距离。 在4组独立的酶反应中分别采用4种不同的ddNTP，结果将产生4组寡核苷酸，它们将分别终止于模板链的每一个A、T、C和G的位置上。 动画演示 测序的原理是DNA链终止法，这注定了一个反应所测序列不可能太长，目前为1000个核苷酸左右。 测序反应费时费力 测序准确度不高 结构复杂的难于进行PCR反应的片段不能测序。 一代测序技术的缺点 第二代测序技术 第二代测序技术——循环阵列合成测序法 新一代测序技术（Next Generation Gequencing，NGS） 代表技术为 罗氏公司(Roche)的454测序仪(Roche GS FLX sequencer) （2005） Illumina公司的Solexa基因组分析仪(Illumina Genome Analyzer) ABI的SOLiD测序仪(ABI SOLiD sequencer)（2007） 动画演示 实时荧光定量PCR 实时荧光定量 PCR ( real-time fluorogenetic quantitative PCR , RQ-PCR) 是在 PCR定性技术基础上发展起来的核酸定量技术 它是一种在PCR反应体系中加入荧光基团 , 利用荧光信号积累实时监测整个 PCR进程 , 最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法 实时荧光 PCR的分类： 标记方法：荧光标记探针（Taqman）；双链 DNA ( dsDNA) 结合染料SYBRgreen 检测基因表达：绝对定量；相对定量 检测SNP：ARMS-PCR；HARM 扩增阻滞突变系统多聚链酶式