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生物信息数据处理系统研究.pdf
计算机科学2004v01.31№.10(增刊)
生物信息数据处理系统研究¨
A of Data
Study System
BiologicalPr。cessing
朱扬勇1’2 邓绪斌1
(复旦大学计算机与信息技术系 上海200433)1(上海生物信息技术研究中心上海z01203)2
AbsIract and on data,the statusofbloiⅡformaticssoft—
operations present
Byanalyzh培thespecialities biological
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proce8si“gpIatform。
KeywordsDBMs,B诂logicaldata,S8quencealignfn亡nt
2.2生物序列数据的基本操作
1引言
目前,生物序列数据的基本操作主要有:序列比
人类基因组计划的初步完成引发了生命科学研 对、特征段搜索和序列拼接等,其中序列比对是提高
究的新进展,导致各种异构生物信息数据迅速产生。 生物分析效率和精度的关键。下面仅就序列比对的
生物信息数据的整合问题已成为生物信息学研究的 历史、现状和发展趋势作简单介绍。
急迫问题[13和计算机界研究的热点o’3]。 2.2.1序列比对的历史、现状和发展趋势传
生物信息学的基础包含生物数据库和生物分析 统序列比对可追溯到上世纪70年代,其目的是通过
软件两部分。科学定义,规范开发的生物分析软件是 将查询序列与数据库主序列进行比较,找出相似的
提升生物信息学研究水平的关键。生物分析的特点 主序列,从而确定查询序列是否为新发现的序列(数
是需求的易变性。然而,由于缺乏统一的可扩充开发 据库搜索),或者根据主序列的结构和功能特征推断
平台.人们只能按短期需求开发软件,造成目前上千 查询序列的结构和功能特征(两两比对)。基本方法
种功能相近、数据格式各异的生物分析软件并存的 是根据给定的相似矩阵和空位罚分规则,考虑可能
混
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