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生物信息学上机实验2013——更新
* * * * * 待举例！ * Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. outfile是一个记录文件，记录了分析的过程和结果，可以直接用文本编辑器（如写字板）打开。 outtree是分析结果的树文件，可以用phylip提供的绘树程序打开查看，也可以用其他的程序来打开，如treeview等。 Phylip软件包的应用 由于默认输出的名字是一样的，为了防止被覆盖，要把默认的输出名字改一下 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. Windows 版本的phylip软件包 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 现有8段protein序列： P1 MPRFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLE P2 MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSDLQIQCQLE P3 WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKIGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE P4 MPCFAANLSMMFTEVPFIERFAAARKAGFDAVEFLFPYNYSTLQIQKQLE P5 MPRFEANLSMEFTAVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLE P6 MPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE P7 MPRFEANLSMEFTEVPFIERFADARKAGFDAVEFLFPYCYSTLQIQKQLE P8 WPRFEANLSMMFTEVPFAERFADARKAGFDAEEFLFPYCYSDLQIQCQLE 示例：Phylip软件包构建进化树 新建文本文件 testSeq.fasta 复制以下序列，注意最后是fasta格式 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 第一步：使用CLUSTALX多序列比对， File/Load Sequenes读入testSeq.fasta，输出格式File/Save Sequenes as 为*.PHY 这步的目的是完成格式转换，准备构建进化树的序列 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. PHY的格式 输出的*.PHY文件： 8和50分别表示8个序列和每个序列有50个氨基酸 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 第二步：双击打开SEQBOOT ,按路径输入刚才生成的 *.PHY文件；设定适当参数；输出outfile文件。 注意输入正确的文件地址，可以把文件拷到当前目录 随机数 可以使用默认值，输入Y 这步的目的是用Bootstrap的方法产生多个复本 Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 重命名Outfile文本文件为Outfile1，打开如下： （包括了100个replicates） Evaluation only. Created with Aspose.Slides for .NET 3.5 Client Profile . Copyright 2004-2011 Aspose Pty Ltd. 第三步：打开PROTPARS（最大简约法），输入Outfile1文件后如下显示： 设定适当参数；运行输出outfile和treefile文件
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