基因芯片在植物研究中的应用.doc

基因芯片技术及其在植物研究中的应用 郭晓琴 中州大学，河南 郑州 450044 摘要：基因芯片是以预先设计的方式把大量DNA探针或基因片段按特定的排列方式固定在硅片、玻璃、塑料或尼龙膜等载体上，形成致密、有序的DNA分子点阵。具有高通量、微型化、自动化、快速、准确等优点。基因芯片技术在植物的病原体检测、抗逆性基因表达、转基因的检测、新基因发现、突变基因筛查等方面有广泛的应用。本文简述了基因芯片的原理、技术特点及其在植物研究方面的应用。 关键词：基因芯片；植物；病原物检测；逆境 Gene Chip Technology and Its Application in Plant Research Guo Xiao-qin Zhongzhou University， Zhengzhou 450044，China Abstrat：Gene chips are pre-designed amounts of DNA probes or gene fragment in a specific arrangement which is fixed to the silicon, glass, plastic or nylon film carrier. With a high-throughput, miniaturization, automation, fast, and accurate. Gene chip technology play a important role in plant pathogen detection, resistance gene expression, transgene detection, discovery of new genes, mutation screening, etc.. This paper introduces the principle of gene chips, the main technical features and its application in plant research.Keywords：gene chip; plant; pathogen detection; stress 基因芯片技术是随着人类基因组计划的开展而发展起来的多种学科交叉渗透的高新生物技术。自1996年美国生物技术公司Affvmetrix制造了世界上第一个商业化基因芯片(Gene chips)起，基因芯片的研究和开发进入跨越式发展[1]。因为基因芯片技术用于基因分析的卓越优势，已广泛应用于生命科学各个领域，如用于检测基因表达，DNA测序，突变检测，基因筛查，新基因的发现等[2]。本文简要综述基因芯片的原理、技术特点以及基因芯片技术在植物研究中的作用。 1 基因芯片技术的原理及特点 基因芯片又称DNA芯片(DNA chips)，是生物芯片(bio-chip)的一种，是综合应用微电子学、物理学、化学、生物学和其他高新技术，把大量DNA片段按特定的排列方式固定在硅片、玻璃、塑料或尼龙膜等载体上，形成的致密、有序的DNA分子点阵。因其固相载体常用硅玻片或硅芯片，故称之为基因芯片[3]。基因芯片技术使得我们能够在全基因组水平上对基因的结构及其表达调控等问题进行研究，因此基因芯片也被誉为“缩微实验室”( Lab- on- a- Chip) 。 基因芯片技术的基本原理是分子生物学中的核酸分子原位杂交技术（DNA blotting hybridization），即将短链核酸分子固定在固相载体上作为探针，将分析样品标记后，与固定在芯片上的探针杂交。其技术程序一般主要包括芯片制备、待测样品的制备和标记、杂交反应、结果检测和数据处理分析等[4]。与传统的核酸印迹杂交技术相比，基因芯片具有诸多优点，如可信度高、信息量大、操作简单、重复性好、可重复使用等[3-5]。 2. 基因芯片在植物研究中的应用 2.1 在植物病原体检测中的应用 Lee等设计了一种芯片，可以检测和区别4种感染葫芦科植物的烟草花叶病毒组成员[6]。Abdullah等应用该技术成功检测了马铃薯A病毒(PVA)等12种病毒[7]，马新颖等建立了黄瓜花叶病毒、烟草花叶病毒、木槿褪绿环斑病毒等10种植物病毒的基因芯片检测方法[8]。陈昱等结合RT-PCR，制备了用于检测CMV、TMV和PVY 3种病毒的基因芯片[9]。龙海等结合双重PCR和基因芯片技术，以铁载体受体(Putative siderophore receptor)基因序列和RNA多聚酶西格玛因子(RNA polymerase sigma factor, rpoD)基因序列为靶标，设计引物和特异性探针，同时检测