进化树分析HCV基因分型.docVIP

如何进行丙肝基因分型 HCVRNA提取、逆转录、特异性片段Core、NS5b、E1等的扩增，测序在“HCV测序标准流程中”中已经阐述，本文主要从拿到测序结果到建树分型成功来阐述。 所用到的软件 BioEdit_700_070404或者sequences scanner：分析测序结果，峰图的质量； DNAman.rar：对特异性片段比对，休整，主要用到他的拼接功能； MEGA 4.rar：用于建立比对（alignment），建树分型。 2、用到的参考序列包括： D90208-1b M58335-1b M62321-1a M67463-1a D00944-2a AB047639-2a D10988-2b AB030907-2b D50409-2c AB031663-2k D17763-3a D28917-3a D49374-3b D63821-3k Y11604-4a Y13184-5a AF064490-5a Y12083-6a D84262-6b D84263-6d D63822-6g D84265-6h D84264-6k 3、首选打开测序结果(本文以核心片段core为例)，分析测序结果的峰图质量，去掉测序结果中质量不理想的片段，得到要分析的目的片段A1、A2………… 4、利用DNAman软件寻找参考片段：在DNAman软件中，通过“序列——序列拼接”打开序列拼接窗口，通过添加文