蛋白质中不同类型β-转角的预测.pdfVIP

内蒙古工业大学学报 JOURNALOFINNERMONGOUA 第3l卷 第4期 UNIVERSrrY OFTECHN0L0GY 文章编号：1001—5167(2012)04—0002—08 蛋 白质 中不同类型 I3一转角的预测 史晓波，胡秀珍 (内蒙古工业大学理学院，呼和浩特，010051) 摘要：蛋白质二级结构预测是空间结构预测的关键步骤，8一转角是蛋白 质二级结构中的重要类型之一，因此 ，找到一种准确预测不同类型 B一转 角的方法，对于建立蛋白质三维空间结构有重要意义。本文构建 了一个含 有2878条蛋白质链的数据库 ，比目前普遍使用的含有426条蛋 白质链的 数据库扩大了6倍多。以矩阵打分值、离散增量值、相似性值和预测的二 级结构信息作为组合向量输入到支持向量机中，对不同B一转角进行了预 测 ，各类的预测总精度均大于92．8％，MCC值均大于0．285。 关键词：支持向量机算法；离散增量值；矩阵打分值；相似性值 中图分类号：Q61 文献标识码：A 0 引 言 蛋白质的二级结构分为规则的、部分规则的和不规则的二级结构，部分规则的二级结构分为转角和 环形。31一转角是最常见的数量最大的转角，占残基总数的25％。一个 31一转角包含4个连续的氨基酸 残基，在第 i个残基的羰基和第 i+3个残基的氨基之间形成稳定的氢键，且第 i个残基仅碳原子和第i+ 3个残基 碳原子之间的距离小于7A 引‘。由于B一转角第i个残基和第i+3个残基之间存在一对氢键， 因此它附近的肽段有一定的稳定性，显示一定的刚性；同时也因为只有这一对氢键，它附近的肽段在外 来作用下，在一定的限度内活动，又有柔性，这就是p一转角表现出的两重性。也正因为B一转角有较大 的柔性，致使B一转角又可以分为很多不同的类型。根据第 i+1和 i十2个残基的二面角( P‘)，可将 B一转角分为9类。目前普遍接受的分类规则是由Hutchinson和 Thornton2提出的，包含 I，II，VIII，I， II，Vial，Via2，VIb，和 IV类，其中Vial，VIa2和VIb类的第 i+2个残基必为脯氨酸 。 蛋白质的结构和功能是紧密相关的，蛋白质的结构决定蛋白质的功能，因此蛋白质结构预测相当重 要 ‘。 一转角在蛋白质的折叠稳定性、识别及结构方面起着重要的作用，首先 p一转角一般位于蛋 白 质的表面，与分子识别有关；其次，B一转角可以为新药分子设计提供模板信息，如麻药、杀虫剂和抗原 等；再次，B一转角能使多肽链折返 180度，在高度有序的蛋白质结构中起重要作用，如果没有转角，那么 蛋白质多肽链就不能折叠成紧密的球形结构…。对于任意一条待测序列，首先我们要判断它是否是 B 一 转角，如果是，属于p一转角的哪一个类型 (即p一转角的 ，值是多少)，如果我们找到了一种可以准 确预测蛋白质中B一转角类型的方法，这意味着向蛋白质三维结构的研究又接近了一步 J。 1988年，Wilmot和Thornton 使用特征倾向法预测了B一转角的I类和II类。随着数据库的不断扩 大，对 B一转角类型的预测越来越受到人们的重视。1994年，Hutchinson和Thornton。使用包括205个 收稿 日期：2012—02—17 作者简介：史晓波(1983～)，女，内蒙古工业大学在读硕士研究生 基金项 目：国家 自然科学基金资助项 目 8 内蒙古工业大学学报 2012焦 非同源蛋白质链的数据库重新计算了特征倾向值，预测了B一转角的I、II、VIII、I和 II类。1997年， Chou和Blinn[3在同样的数据库中，使用双残基模型对 B一转角的类型进行了预测，得到I、I、II、II、IV 和VIII类的预测总精度分别为68．54％、93．60％