蛋白质全原子模拟研究新进展.pdfVIP

2902005N性能计算应用大会 蛋白质全原子模拟研究新进展 张建 王炜 (固体微结构国家重点实验室，南京210093) 【摘要】随着凝聚态统计物理中新的构象空间搜索、采样等方法在分子模拟领域的应用及发展，使得我们 能够在更深和更广的层次上探索蛋白质的折叠机制等问题。本文主要介绍了其中的基于广义系综的模拟方 法、副本交换方法(REM)及其在蛋白质折叠研究中的应用，并讨论了这些方法目前面临的主要困难和最 新发展的一些解决方案。 关键词：全原子模拟，广义系统模拟，蛋白质折叠，副本交换方法 Abstract：Theand ofconformationmethodonmolecularsimulationsenableUSto applicationdevelopment sampling the mechanismsof and intothe this article， studyfolding largerproteinsgaindeepinsight protein—foldingproblem．In the weintroduce ensemblemethodandREMmethodandtheir in studies．We generalized applicationsproteinfolding alsodiscussthemaindifficultiesofthesemethodsandtherecent to withthem． developmentscope words：All—atom ensemble method simulation，Generalizedsimulation，Protein Key folding，Replicaexchange 1引言 每秒运算速度1015次／每秒的超级计算机，这台名 为BlueGene的机器比当时世界上最快的机器还 蛋白质是生命系统中重要的大分子，是构成 要快上500倍。BlueGene建造的主要目的就是 生物体结构，控制、调节和执行生物功能的重要 研究蛋白质折叠问题和相关的硬件、软件体系。 物质。蛋白质特有的空间结构是实现其功能的科 这反映了蛋白质折叠问题在生命科学和高性能计 学基础。Anfinson原理指出： “蛋白质的氨基酸 算领域的极端重要性。 序列已经包含了其三维结构的全部信息”，并且 理论上，要准确的认识蛋白质的折叠过程， “天然蛋白质的功能结构正是它在一定条件下热 较好的办法是采用全原子水平的分子动力学( 力学最稳定的结构”。但是具有完整一级结构的 MD)或蒙特卡罗动力学(MC)进行模拟研究。 多肽链到底是如何决定高级结构的?它是如何一 然而，对精细到全原子水平的模拟，由于体系的 步步折叠成为具有特定高级结构的蛋白质的?这 原子数目众多及计算机速度的限制，目前单条轨 是从遗传信息到生物功能的关键环节，是中心法