开题报告022.doc

本科生毕业论文（设计）开题报告书 题 目：牛MHC(BolA)家族DR区基因的SNPs筛查及分析 学生姓名: 李文明 学 号： 200713010312号 专业班级: 生科07103 班 指导老师: 王兴平 2010年11月26日 牛MHC(BolA)家族DR区基因的SNPs筛查及分析 目的意义: 主要组织相溶性复合体(major histocom-pitibility complex,MHC)是由紧密连锁的高度多态性的基因位点所组成的染色体上的一个遗传区域。MHC在动物机体的免疫系统中发挥着极其重要的作用,与体的抗病性和易感性密切相关,已成为目前抗病育种研究的热点. 牛MHC又称为牛白细胞抗原(bovine lympho-cyte antigen,BoLA)位于23号染色体(BTA23)。根据基因产物的功能和结构的不同,将其分为I、II和III类基因[1]。II类基因被划分为IIa、IIb两个明显的亚区,其重组距离为17 cM[3]。DRA、DRB、DQA和DQB等基因位于IIa亚区,而DOB、DYA、DYB和DIB等基因则位于IIb亚区。DRB基因含有DRB1、DRB2和DRB3等3个基因座。Northern杂交表明DRB3是唯一可以高度表达的基因座,负责编码β链,是II类抗原分子功能最重要的部分。目前已证实MHC与人类和家畜的多种疾病之间存在着强相关,因此近年来成为家畜抗病育种研究中的前沿部分.本实验从分子水平系统筛查牛MHC家族DR区基因的SNPs，构建系统发育树，以揭示牛的遗传多态性、分子起源进化和亲缘关系。旨在为我国黄牛的抗病育种提供基础资料。 国内外研究概况：MHC 是主要组织相容性复合物的简称，是由紧密连锁的高度多态的基因位点组成的染色体上的一个遗传区域。它广泛存在于脊椎动物中，最早由 Snell 等在小鼠的皮肤移植试验中发现。目前已证实 MHC 与人类和家畜的多种疾病之间存在着强相关 。 理论依据： 从理论上讲，任何用于检测单个碱基突变或多态性的技术都可以用于NsPS的识别和检出，但这些传统的检测技术难以实现大规模sNPs筛查，也不适用于sNPs的白动化批量检出。NcBI、EBI、DDBJ三大数据库中存储的DNA序列数量飞速增长。这一不断增大的数据库资源可以成为寻找SNPS的重要宝藏。采用先进的生物信息学软件，利用计算机自动识别已经成为一种简单、有效廉价的发掘sNP的新策略。本试验将结合计算机信息技术，对牛的MHC的DR区进行多态分析，通过GenBank数据库，查阅和下载不同品种牛的MHC家族DR区基因的DNA序列，进行序列比对，筛查SNPs位点。构建系统聚类树，分析分子起源进化 研究内容： 1：牛MHC家族DR区基因的SNPs 2：构建系统发育树 3：分析牛的遗传多态性、分子起源进化和亲缘关系。 研究方法：1、熟悉GenBank数据库，查阅和不同品种牛的MHC家族DR区基因的DNA序列。 2：从NCBI网站http://www．ncbi．nlm．nih．gov/的GenBank中下载牛的不 同种的DR基因序列 3：进行序列比对，筛查SNPs位点。 4：进行遗传多样性分析，生成单倍型，构建系统聚类树，分析分子起源进化。 3、分析讨论牛MHC基因家族DR区基因的基因突变情况，并解释其生物学意义 工具： 引物设计软件:primerpremiers· 系列分析软件：DNAStar6.0NCBIBlast(/BLAsT/) 酶切位点分析软件:例Astar6.o，deAPsFinder(http:zdcaps/deaps.htmr) 连锁不平衡分析和单体型分析:sHEsisl(http://z02.120.7一4zanalysiszmyAnalysiS.php) 生物电泳图像分析系统软件:Quantiytone(Bio一ARD) 预期的结果：通过生物信息学软件分析，基本了解了在所分析的共有片段的碱基系列种又很多多态位点。占总碱基的50%左右。在DR基因中也发现了很多单倍型，根据这些推出遗传的多样性。 进度安排： 2010.11.15-2010.11.30 查阅资料，编写实验方案和开题报告。 2010.12.01-2011.03.20 查阅、下载基因序列，进行基因序列分析和系统发育分析。 2011.03.21-2011.05.10 分析总结撰写论文。