化学绘图软件-Chemoffice详解.ppt

第一章 信息技术与计算机文化 第七章 分子绘图软件-Chemoffice 要求：了解Chemoffice的功能，熟练掌握简单分子图形的绘制，保存与修改，并做简单的几何结构优化，能够使用ChemDraw绘制分子二维图形，实验装置图以及化学反应流程图。 Chemoffice是美国CambridgeSoft公司出的重要产品之一，ChemOffice 是世界上最优秀的桌面化学软件，集强大的应用功能于一身，为您提供了优秀的化学辅助系统，使您的研究工作达到一个新的高度。ChemOffice Ultra? 包括 ChemDraw Ultra 化学结构绘图、Chem3D Ultra 分子模型及仿真、ChemFinder Ultra 化学信息搜寻整合系统等一系列完整的软件。可以将化合物名称直接转为结构图，省去绘图的麻烦。 第一节 Chemoffice 1 Chem3D 是一个用于设计化学模型的应用软件，它是一个简单易用的图形界面和界面脚本将构建、分析、计算工具融于一体。将二维平面的有机分子结构图形转化成三维的空间结构，在分子和原子水平上模拟和分析分子的立体构象是Chem3D的一大特点。此外Chem3D还提供一些辅助的计算工具，例如优化模型，构象搜索、分子动力学和计算分子的单点能量等。 第一节 Chemoffice 2 ChemDraw 是一个化学结构绘图软件，具有如下的功能：绘制和编辑高质量的化学结构图，识别和显示立体结构，将结构和名称进行转换，包含NMR数据库，能够与Excel集成，能够进行网络数据库信息管理。 第一节 Chemoffice 3 ChemFinder 是一个化学信息管理系统，可以用它来管理化学信息。它为化学工作者备份整理物质的化学结构、物理性质、说明和数据表格提供了环境。对于人们感兴趣的分子和反应， ChemFinder可以帮人们在相应的位置作索引，以便查找。 第二节 Chemoffice 的安装 1. 下载安装chemoffice 2006 原版，不要去激活，不要破解； 2. 运行keygen.exe，放在一边，到时序列号和激活码； 3. 运行RegCou10.vbe，按提示输入相关信息。 第三节 Chem3D 的使用 一 启动 开始→所有程序→Chemoffice 2006 →Chem3D Ultra 10.0 二 工作界面 1 标题栏 2 菜单栏 3 工具栏 三 文件的基本操作 1 新建文件 2 打开文件 3 保存文件 第四节 自定义Chem3D的工作界面 1 页面参数的设置 files→Preferences 2 文档的设置 files→Model Setting 3 工具条的现实与隐藏 View → Toolbars 第五节 Chem3D模型的建立与操作 一 3D模型的建立 1 导入3D模型 2 从ChemDraw 中导入 3 使用键工具绘制 3 使用键工具绘制 Chem3D提供了多种方式的模型模式，包括最常见的键工具、模板工具盒文本工具。系统启动时，默认工具是单键工具。 1 新建一个Chem3D窗口 2 在工具栏中选择键型工具，然后再Chem3D中自左向右拖动，放开鼠标，得到乙烷分子模型 3 在右侧的碳原子上单击，向右拖动鼠标一段距离后放开，得到丙烷的分子模型。调整角度使之能更好的显示立体结构。 4 选择A（文本）工具，然后选择右侧的甲基碳原子，在出现的文本输入框中输入O，然后按 enter键，则甲基变为羟基，得到乙醇的分子模型。 选择A（文本）工具，然后选择左侧的甲基氢原子，在出现的文本输入框中输入COOH，然后按 enter 键，则甲基氢变为羧基，得到2-羟基丙酸分子模型 选择A（文本）工具，然后选择左侧的甲基氢原子，在出现的文本输入框中输入NH2，然后按 enter 键，则甲基氢变为氨基，得到丝氨酸（HOCH2CHNH2COOH） 结构调整，全选结构（使用快捷键（Ctrl+A）），单击菜单栏中的“Structure→Clean up” 命令，调整分子模型，使之更接近标准化模型。 结构优化。单击菜单栏中的“Calculations →MM2 →Minimize Energy”命令，弹出对话框，单击”run“按钮，系统自动对所绘制的结构模型进行分子优化，并在对画框下方的消息窗口中显示优化过程和相关数据。 9 保存结构，单击菜单栏中的”Files →Save”命令，保存模型；或”Save As”另存为命令保存其他方式。 4 使用文本工具绘制 利用文本工具绘制分子结构模型是Chem3D的独特之处，对于简单的分子，可以直接输入分子的结构简式，简化绘图步骤， 首先选择A（文本）工具，然后再模型显示去单击，在出现的文本