第二章蛋白质化学1探讨.ppt

第三节 蛋白质的结构 它们之间的组成关系是高一级的结构以低一级的结构为组成单位： 一级结构 二级结构 超二级结构 结构域 三级结构 四级结构 一、蛋白质的一级结构 蛋白质的一级结构(primary structure) 就是蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序 (sequence)，也是蛋白质最基本的结构。 它是由基因上遗传密码的排列顺序所决定 的。各种氨基酸按遗传密码的顺序，通过肽键 连接起来，成为多肽链，故肽键是蛋白质结构 中的主键。  牛胰岛素 构象(conformation)：指化合物分子中共价单键旋转导致的周围原子的不同空间排布。分子构象的改变，不要求共价键的断裂和重新形成，但涉及到非共价键（如氢键）的形成与破坏。 构型(configuration)：指化合物分子中原子的空间排列，分子构型的改变，涉及到共价键的断裂和重新形成，但不涉及非共价键（如氢键）的形成与破坏。单糖的α-型和β-型以及氨基酸的D-型和L-型指的就是它们的构型。 （一）蛋白质的二级结构 蛋白质的二级结构(secondary structure)是指多肽链中主链原子的局部空间排布即构象，不涉及侧链部分的构象。 二级结构主要是通过肽键中氨基酸残基的NH和C＝O之间形成的氢键维持的。 α－螺旋空间结构示意图 1.肽键平面(或称酰胺平面，amide plane) Pauling等人对一些简单的肽及氨基酸的酰胺等进行了X射线衍射分析，得出下图所示结构： (1)肽键中的C-N键长0.132nm，比相邻的N-C单键(0.147nm)短，而较一般C=N双键(0.128nm)长，可见，肽键中-C-N-键的性质介于单、双键之间，具有部分双键的性质，因而不能旋转，这就将固定在一个平面之内。 (2) 肽键的C及N周围三个键角之和均为360°，说明都处于一个平面上，也就是说六个原子（-Cα—CO—NH—Cα-）基本上同处于一个平面，这就是肽键平面。肽链中能够旋转的只有α碳原子所形成的单键，即蛋白质中的每一个N-Cα键和每一个Cα-C键，它们的旋转决定两个肽键平面的位置关系，于是肽键平面成为肽链盘曲折叠的基本单位。 (3)肽键中的C-N具有部分双键特性，防碍了它的旋转。尽管绕肽键旋转存在很大的障碍，但肽单位可以选择两种可能构象中的一种：反式（trans）构象，或顺式（cis）构象。就会有顺反不同的立体异构，已证实CO和NH处于反位，如下图中左侧酰胺平面所示。 由于连接在两个α-碳上的侧链基团之间的立体干扰，不利于顺式构象的形成，对伸展的反式构象的形成有利，因此蛋白质中几乎所有的肽单位都是反式构象。 一个蛋白质的构象取决于肽单位绕N-Cα键和Cα-C键的旋转，旋转本身受到肽链的主链和相邻残基的侧链原子之间的立体干扰的限制(如下图的a和b)。 2. α－螺旋(α－helix) Pauling等人对动物毛发的α－角蛋白(α－keratin)进行了X射线衍射分析，从衍射图中看到有0.5～0.55nm的重复单位，故推测蛋白质分子中有重复性结构，并认为这种重复性结构为α－螺旋见右图： α－螺旋空间结构示意图 α－螺旋结构的特点 (1) 多个肽键平面通过α－碳原子旋转，相互之 间紧密盘曲成稳固的右手螺旋。 (2) 主链呈螺旋上升，每3.6个氨基酸残基上升一圈，相当于0.54nm。以ns表示这类螺旋的特征：n代表每圈螺旋包含的氨基酸残基数，s是形成一对氢键的O与N两原子间参与共价结构的原子数。因此，典型的α－螺旋可表示为3.613。 (3) 相邻两圈螺旋之间借肽键中C＝O和H形成许多链内氢健，即每一个氨基酸残基中的NH和前面相隔三个残基的C＝O之间形成氢键，这是稳定α－螺旋的主要键。 (4) 肽链中氨基酸侧链R，分布在螺旋外侧，其形状、大小及电荷影响α－螺旋的形成: 酸性或碱性氨基酸集中的区域，由于同电荷相斥，不利于α－螺旋形成； 较大的R(如苯丙氨酸、色氨酸、异亮氨酸)集中的区域，也妨碍α－螺旋形成； 脯氨酸因其α－碳原子位于五元环上，不易扭转，加之它是亚氨基酸，不易形成氢键，故不易形成上述α－螺旋； 甘氨酸的R基为H，空间占位很小，也会影响该处螺旋的稳定。 3.β－折叠片 (β－pleated shee