5蛋白质分子的设计.pptVIP

第六讲 蛋白质分子设计 耶鲁大学化学家Alanna??Schepartz小组利用β-氨基酸模拟天然蛋白质的特征设计出一种分子，它内部不亲水而外部则恰好相反，因此能够使β-肽链形成一束。 β-肽链能够模拟天然蛋白质的能力将使其成为基础研究和药物开发的新的强大工具，而它与天然蛋白质的不同可能恰恰是它的最大的价值。α-氨基酸和β-氨基酸形成的蛋白质的区别在于后者的“骨架”上多了一个碳原子。正因为β-肽链不像天然肽和蛋白质那样在细胞中被加工，也许未来科学家可以利用它设计出功能更好、应用更广、具有特殊属性的蛋白质药物。 蛋白质分子设计的流程 Pr突变体设计的3个步骤 一、蛋白质分子设计的分类 设计的目的主要有两个： 一是为有目的的蛋白质工程改造提供设计方案和指导性信息，如以此提高蛋白质的热、酸稳定性，增加活性，降低副作用，提高专一性等； 二是探索蛋白质的折叠机理，如简单蛋白质骨架的从头设计是研究蛋白质内相互作用力的类型及本质的很好途径，也为解决蛋白质折叠问题寻找定性和定量的规律。 （一）蛋白质分子设计的层次 分为两个层次： 一是在蛋白质三维结构已知基础上的分子设计 ； 二是在三维结构未知的情况下，借助一级结构序列信息及生物化学性质进行分子设计工作。 （二）蛋白质分子设计的分类 在分子设计的实践中，常依据改造部位的多少将分子设计分为三类： 1．定点突变或化学修饰法 “小改”，置换、删除或插入氨基酸，依赖分子生物技术，是目前最广泛使用的方法 2．拼接组装设计法 “中改”，当前主要从基因水平上完成，又称“分子裁剪” 3．从头设计全新蛋白质 从基因水平上，或直接进行化学全合成 二、蛋白质分子设计的基础 在对一个天然蛋白质进行分子设计时，首先要通过各种方法来获得蛋白质的三维结构信息，在此基础上利用生物信息学及计算机模拟技术确定其特定功能相关位点或结构域作为突变位点或要改变的序列区域，然后利用PCR等技术构建突变体并进行突变体的性质表征直到获得所需的蛋白质。 （一）蛋白质生物功能的多样性 蛋白质作为一类生物大分子，具有重要的生理功能 一个基因编码多种蛋白质一种蛋白质产生多种活性多肽一种活性多肽产生多种功能而且，在同一蛋白质分子内部，不同的肽段之间也可能存在着相互调控的现象。 Pr分子生物功能的多样性，为我们进行分子设计提供了可能。 （二）蛋白质的功能由其高级结构决定 蛋白质的功能是与其高级结构相联系的，蛋白质的生物学活性和理化性质主要决定于空间结构的完整性 （三）蛋白质的一级结构与其构象及功能的关系 1.蛋白质一级结构的氨基酸顺序，决定多肽链的折叠方式和高级结构； 2.一级结构是空间构象的基础，空间构象遭破坏的多肽链只要其肽键不断，其就能恢复到原来的三级结构； 3.一级结构相似的蛋白质，大多数其基本构象及功能也相似；但关键活性部位的残基发生变化，会影响其空间构象或生理功能，例：“分子病” （四）蛋白质的空间构象与功能活性的关系 别构效应（allostery）: 肌红蛋白（Mb）：153个AA残基 血红蛋白（Hb）：α亚基和β亚基 141个AA中，只有21个位置上的AA相同，但其三维结构十分相似 （五）结构生物学与生物信息学促进蛋白质分子设计 结构生物学对蛋白质的静态空间结构研究及其动态结构与功能关系的研究为蛋白质分子合理设计提供理论依据，使蛋白质分子设计的目标性更加明确； 蛋白质数据库（the protein data bank, PDB）：X衍射晶体结构数据、NMR实验数据。 三、蛋白质分子设计的原则 1．活性设计 是蛋白质分子设计的第一步，主要考虑被研究的蛋白质功能，涉及选择化学基团和化学基团的空间取向；另外，可以借助量子力学计算预测所需的催化基团。 2．对专一性的设计 蛋白质的功能区域可分为催化部位和底物结合部位，其专一性与底物结合部位相关，因此，理解并设计化学基团与底物的专一性结合对蛋白质设计是十分重要的。 3．Scaffold设计 框架设计，是指对蛋白质分子的立体设计；在分子设计中，框架设计是最难的一步：例：最小的酶分子约10000 Da，但只有3个基团参与催化，还有几个基团参与与底物结合，这些基团具有特定功能的关键条件之一就是框架化。 溶菌酶结构 4．疏水基团与亲水基团需合理分布 不是简单的使暴露在外面的残基具有亲水性，埋藏在里面的残基具有疏水性，而是还应安排少量的亲水残基在表面，少量的亲水残基在内部。 5．最优的氨基酸侧链几何排列 蛋白质的侧链构象由空间两个立体因素决定： 侧链构象决定于旋转每条链的立体势垒； 侧链构象由氨基酸在结构中的位置决定。 四、蛋白质分子设计的程序 选择设计目标 就目前的水平而言，所选择的目标均