基因组学二(赵利峰 2011-9-2)详解.pptVIP

 第二章 遗传图绘制 内容回顾： 基因组（Genome）：一个生物体、细胞器或病毒的整套基因和染色体组成，即全部基因的总称（包括所有的编码区和非编码区）。 基因组学（Genomics）：以基因组分析为手段，对所有基因进行基因组作图、核苷酸序列分析、基因定位、时序表达模式和基因功能分析的一门科学。 1975年F. Sanger、A. Maxam和W. Gilbert发明了DNA快速测序技术。 DNA 测序每次只能测不到1000个碱基，人的基因组是多少个碱基？这就决定了DNA测序的基本步骤: 1. 将DNA拆分成许多个1000个碱基以下的小 片段。 2. 将这些小片段分别测序。 3. 将这些小片段测序的结果汇总，按它们原本的序列排列组装。 哪么测序后我们怎么知道每个小片段在基因组序列中正确的位置呢？答案是：基因组做图。 鸟枪法和重叠群法 什么是鸟枪法 全基因组随机测序战略主要采用鸟枪法（shotgun）。鸟枪法，也俗称“霰弹法”，是随机先将整个基因组打碎成小片段进行测序，最终利用计算机根据序列之间的重叠关系进行排序和组装，并确定它们在基因组中的正确位置。 优点：速度快，简单易行，成本较低，可以在较短的时间内通过集中机器和人力的方法获得大量的基因片断。 缺点：用它来测序时，最终排序结果的拼接组装比较困难，尤其在部分重复序列较高的地方难度较大。此外有许多序列片段难以定