核糖分子开关介绍.docVIP

核糖开关的研究与应用 信使RNA(mRNA)作为遗传信息从DNA到蛋白质的传递者的功能已经被人们证实和熟知，人们在研究 mRNA 时往往把更多的目光投入到可读框(openreading frame，ORF)上，往往忽视了 mRNA 非编码区(untranslated region，UTR)的作用。但是在 2002 年由Breaker 研究小组证实位于 mRNA 非编码区的某些结构元件同样能够调节基因的表达。他们发现了一种天然的RNA适配子，位于大肠埃希菌维生素B12胞外转运蛋白 BtuB mRNA 的 5UTR，可以直接结合维生素B12 的辅酶 Adocbl，而不需要辅助蛋白的参与便可抑制BtuB蛋白的翻译[1]。这类RNA分子能直接感受环境中相应代谢物的变化，通过自身构象变化实现对毗邻开放读码框内基因表达的调控，因此被命名为“ribo-switeh”(核糖开关)。随后有关核糖开关的研究迅速发展，已经发现的核糖开关大约调控着细菌3%的基因，控制着各种物质代谢的基础途径[2]。迄今已在细菌、真菌和植物中发现了多种核糖开关，参与多个重要的生命代谢途径. 1 核糖开关的结构特点 核糖开关位于mRNA的非编码区（UTR），它是一个顺时作用元件，通过与代谢物小分子直接的绑定进行基因调控[3]。核糖开关与代谢产物的相互作用具有多种形式，从简单的氨基甘氨酸和镁离子，到复杂的维生素12不等。核糖开关能够感觉到细胞代谢物的浓度，然后特异性的调控下游序列的翻译[4]。大多数核糖开关都可以分成2个结构域：适体结构域(aptamer domain，AD)和表达结构域(expressiondomain，EPD)。AD 是一个高度折叠的结构，能选择性地与特定的代谢产物结合。AD结合代谢产物后，自身的构象发生变化[5]。AD形成高度折叠的二级或者三级结构，选择性的与靶代谢物结合，该结合导致下 游EPD的RNA折叠变化，形成选择性的茎环结构，在表达平台上形成了一种阻碍结构，进而调节基因的表达[6]。AD和EPD通过转换序列(switching sequence)加以衔接，该转换序列可通过参与AD或EP形成特定构象来调控核糖开关的功能状态[7]。 2 核糖开关的代谢的调控机理 2.1 转录水平的调控 对核糖开关的研究证明，适体配体结合物（核糖开关与目标分子的结合）能够裂解或者催化产生终止子。结果导致转录的中止和延伸。细胞内代谢产物的 富集或缺乏促使核糖开关发挥调控作用，通常表现为反馈抑制。就转录水平调控而言，当无代谢物结合AD 时，转换序列参与形成抗终止子结构，使 EPD 内的终止子发卡结构无法形成，于是转录生成完整的mRNA。此外，适体与配体结合的亲和能力被看作核糖开关基因调控的重要因素。适体配体的结合力严重影响着转录的调控。与RNAP(RNA聚合酶)的转录水平相比，较弱的适体配体结合力就预示着核糖开关的作用的减弱或失效[8]。 2.2 翻译水平的调控 与革兰氏阳性菌的核糖开关在转录中的调控相比，革兰氏阴性菌的核糖开关主要在翻译水平上发挥作用[9]。这种差异是因为在这两种细菌中多顺反子mRNA 的含量。在所熟知的代谢产物中，TPP（硫胺素焦磷酸盐）、FMN（黄素单核苷酸）、辅酶B12、SAM（腺苷甲硫氨酸）等的调控都是核糖开关在翻译水平发挥的作用[10]。 翻译的起始是受SD和AUG序列与核糖体结合后二级结构的改变所控制的。与调控转录的核糖开关相比，核糖开关对翻译水平的调控具有不完全相同的机制。以抑制型为例，在起始密码上游，存在“抗SD”、“SD(mRNA上核糖体结合位点)”序列。当AD未与适体结合时，抗SD未能与SD结合，SD正常发挥作用，使翻译顺利进行；当AD与适体结合后，使抗SD与SD结合，导致翻译不能进行[11]。 2.3 对 mRNA 的加工 除了对转录和翻译的调控之外，核糖开关在配体依赖性mRNA的加工过程中同样发挥作用。在粗糙链孢霉菌中，由TPP核糖开关介导的对mRNA选择性的剪切作用很典型[11]。研究发现，TTP核糖开关的一侧靠近两个5剪切位点，另一侧靠近3剪切位点。当TPP 浓度很低时，TPP 适体修饰 5剪切位点的附近序列，导致 5末端剪切位点被利用产生 NMT1mRNA(NMT1 编码 TPP 合成相关蛋白)。当 TPP 浓度高并与适体结合后，5末端剪切位点及分支剪切位点的mRNA 构想均发生改变。这种构想改变的综合效应是降低了前提mRNA的剪切效应，同时使另外的替代的已拼接的mRNA增加，这种增加的拼接好的mRNA是由5近端剪切位点的作用造成的，进而造成NMT1无法顺利表达。更重要的是,这个 TPP 依赖性的mRNA 包含一个μORF（sμ-open reading frames），它能够在翻译过程中与主链的ORF竞