MobilomeFINDER网络工具通过比较分析用于基因组岛的鉴定.ppt

* * * * * MobilomeFINDER: Reported by Wang Shen Yu web-based tools for discovery of bacterial genomic islands 简介 关于MobilomeFINDER 安装与使用 总结 报告内容： 1.简介: 基因的水平转移导致外源DNA片段整合进入种属特异性的同线基因主干网，通常是tRNA和tmRNA基因位点。这种“可选择”的基因组系统 Mobilome（移动基因组）： 它在相同的细菌种属的成员之间可以有很大的差别，包括游离的质粒，转座子，整合子，原噬菌体，和日益增长的毒力岛（PAIs）和基因组岛（GIs） Genetic Island（基因组岛）： Formerly mobile genetic elements that have been integrated into an organisms genome. They encode a variety of different functions that depend largely on the environment of the organism, and can be involved in symbiosis or pathogenesis. Often, they confer on an organism fitness to occupy a particular ecological niche. 2.关于MobilomeFINDER: Mobilome的高通量的前景的主要障碍是一直缺乏细菌基因序列的信息 这个方法结合了新提议的“MAmP”，“tRNAcc”和“tRIP”比较基因组学为基础的方法，通过获得实验性的基因岛的步骤便于岛的探测和/或以酵母为基础的同源重组系统 Mobilomefinder（/mobilomefinder）是一个互动的在线工具，有利于细菌基因组岛或“流动基因组”（mobilome）的发现; 它集成了ArrayOme和tRNAcc软件包 MAmP（基因芯片辅助查找mobliome）是依据比较基因组杂交（CGH）ArrayOme和脉冲场凝胶电泳（PFGE）基因组大小估量是用来筛选和鉴定大量的分离的特别富有mobilome DNA序列的菌株 tRNAcc（tRNA基因内容和背景分析），辅助于in silico PCR的方法,是用来识别假定的GIs，使其更接近与完整的基因组 ArrayOme网络界面：鉴定菌株是否富含新颖的流动基因组DNA的工具 （1）基因芯片衍生的CGH数据集（图A） （2）一种芯片特异的索引文件，里含的芯片探针被映射到CDS，无论是大型的或是微小的参考模板（图B） （3）主要的DNA模板（幽门螺旋杆菌26695基因组）的档案为所有由使用特异的芯片探测的CDS提供了位置和大小的信息（图C） （4）微小模板（幽门螺旋杆菌J99基因组）文件（图D） MobilomeFINDER网络工具通过比较分析用于基因组岛的鉴定 通过IdentifyIsland，输入页面允许上传基因序列数据和详细的tRNA位点来审查（图A） * *