环境的辅助农药分子设计计算机系统.pdfVIP

于 !#$% 环境的辅助农药分子设计计算机系统 王 威’ ( 蔡瑞英’ ( 林 九虎) *’+ 南京化工大学 信息科学与工程学院 ( 江苏 南京 )’,,,-. )+ 江苏省农药研究所 ( 江苏 南京 )’,,/01 摘 要 2 开发了基于 !#$% 环境的辅助农药分子设计计算机系统 3 系统采用模块化设计 ( 人机界面友好 ( 并针对农药分子设计过程中定量构效关系研究 * 456 1 的特点 ( 实现了多种 456 建模算法的集成 3 应用表 明系统对新农药分子设计具有一定指导意义 3 关键词 2 !#$% . 定量构效关系研究 . 建模 . 分子设计 中图分类号 2 #7 /-’ 文献标识码 2 文章编号 2’,,898:/8*),,’1,:9,,)’9,; 在研制新农药的过程中 ( 引入计算机辅助分 子设计手段 ( 利用计算机图形学 数据库技术等相 关计算机技术以及有关数学建模方法模拟化合物 的合成 ( 并自动对其进行活性预测 ( 可以提高新农 药创制的效率 3 国内外科研机构和公司针对计算机辅助分子 设 计 的 需 要 ( 已 研 制 了 一 些 软 件 ( 著 名 的 有 美 国 #6=75 公司研制的 #6=75 软件 3 该软件运行 于 5?= @) 图形工作站上的 =5=5AB=C 之上 ( 其 功能主要包含三维结构处理 量子计算 数值分析 和药效团搜索等功能 3 但该软件数据分析功能较 薄弱 ( 不能满足 456 研究的需要 3 为此 ( 本文研 制了辅助农药分子设计计算机系统 ( 以弥补 #6=9 75 软件的不足 3 ’ 系统开发环境的选择 !#$% 是美国 !DEFGHIJK 公 司 L, 年 代 逐步开发完善的一种新型语言 3 在 !#$% 环 境下编程可以使研究人员从繁琐的编程工作中解 脱出来 ( 集中精力去考虑算法的设计与问题的解 决 ( 从而提高效率M’N)O 3 而且 !#$% 具有优越 的跨平台性能 ( 能够方便地运行于 AB=C 操作系 统 之 上 ( 而 #6=75 软 件 只 具 有 AB=C 版 本 ( 所 以 为 了 与 #6=75 软 件 有 效 配 合 ( 选 用 !#9 $% 作 为 软 件 开 发 环 境 ( 将 !#$% 作 为 P 计 算服务器 Q( 开发出基于 !#$% 环境的农药分 子设计计算机辅助设计系统 ( 可以补充 #6=75 软件的数据分析功能 3 ) 系统功能 该系统提供如下功能 2 *’1 阐明 456 研究的内容及意义 . *)1 对某系列化合物中可能成为农药新品种 的化合物进行活性预测 ( 指导合成工作 . */1 确定影响该系列农药化合物活性的主要 因素 ( 指导该系列化合物的合成工作 . *;1 对某一系列完整体系的农药化合物进行 456 研究和分析 3 / 系统算法设计 本系统提供 ; 种建模方法 ( 分别概述如下 3 /R’ 逐步回归分析M/N;O 根据农药分子 456 研究的特点 ( 用基于交 叉验证的逐步回归方法在一定检验水平下对样本 自变量进行筛选 3 这样不仅能保证选入变量的有 效性和重要性 ( 同时可以减少多余变量的引入所 带来的额外误差 3 即在尽可能保证有效变量的引 入 无效变量被剔除的情况下 ( 使得模型尽可能简 单 3 算法步骤如下 3 收稿日期 2),,’9,:9’: 基金项目 2 江苏省 P 三药 Q 创制开放课题的子课题 作者简介 2 王 威 *’-8:91( 男 ( 江苏盐城人 ( 硕士 ( 主要从事管理信息系统 计算机辅助分子设计的研究 3 万方数据 !## 将样本随机划分为训练集和预测集 $ !#% 将训练集依次抽出一组样本 利用剩余的 样本进行逐步回归分析 得出一系列逐步回归方 程 取对预测集和训练集中抽出的样本预测平均 误差最小的回归方程为最终选定的回归方程 $ !#! 设一事先给定值 作为是否选取样本某列 自变量的量度 如果上述一系列逐步回归方程中 相同自变量非 ’ 系数的数目大于这个给定值 则 可认为该自变量对因变量有显著影响 反之则没 有 ( 此给定值可根据需要取大于等于 # 的整数 本 文取 % 这样既可消除 ) 偶然相关 * 又可最大限度 地保证将尽可能多的对因变量有显著影响的自变 量选中 ( !+% 径向基函数 , -./ 0 神经网络建模12345 !+%+# -./ 网络原理 将 -./ 网络用于 678- 建模 ( -./ 网络是 一种局部逼近网络 ( 可作如下理解 9 ,#0 把网络看成对未知函数的逼近器 一般任 何函数都可表示成一组基函数的加权和 , 权值为 #0 这相当于选各隐单元的作用函数构成一组基 函数用于近似未知函数 ( ,%0 由模式识别理