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扬州大学测试中心质谱仪器介绍 生物质谱平台 色质谱机组 王郁杨 博士 2014年03月15日 生物质谱 —— 蛋白质组研究的关键技术 基质辅助激光解吸电离（matrix-assisted laser desorption ionization, MALDI） LC MALDI TOF/TOF分析与AB SCIEX TOF/TOF? 5800 系统 电喷雾电离（electrospray ionization, ESI） UHR-TOF maXis 超高分辨飞行时间质谱仪 LC MALDI TOF/TOF分析与AB SCIEX TOF/TOF? 5800 系统 5800 MALDI TOF/TOF 串联飞行时间质谱主机 Tempo LC MALDI 点样系统 Mascot 2.3 结合Mascot Deamon搜索引擎 ProteinPilot 4.0 蛋白分析工具 MALDI 的原理 待测物质的溶液与基质的溶液混合后蒸发，使分析物与基质成为晶体或半晶体，用一定波长的脉冲式激光进行照射时，基质分子能有效的吸收激光的能量，使基质分子和样品分子进入气相并得到电离。 常用的 MALDI 基质 Matrix Application 2,5-Dihydroxybenzoic acid (DHB) 2,5-二羟基苯甲酸 Small molecules, small peptides, nucleotides, oligonucleotides, oligosaccharides 3,5-Dimethoxy-4-hydroxycinnamic acid (SA) 3,5-二甲氧基－４－羟基肉硅酸(反式)　 Large peptides, whole proteins, glycoproteins, lipids a-Cyano-4-hydroxycinnamic acid (CHCA) Α－腈基－４－羟基肉硅酸 Peptides, proteins, lipids, nucleotides MALDI 基质应具有的特性 能够嵌入样品分子间并能起到隔离样品分子之间的相互作用(如形成共结晶); 能溶解于可溶解样品分子的溶剂; 在真空状态下是稳定的; 可吸收激光,既与激光形成共振吸收; 可激发样品分子离子化. 是离子在电场作用下加速飞过飞行管道，根据到达检测器的飞行时间不同而被检测即测定离子的质荷比 (m/z) 与离子的飞行时间成正比。 反射飞行时间质量检测器 飞行时间分析器 MALDI-TOF/TOF MALDI 源可以电离分子质量为102～106 Da 的生物分子并用于质谱分析。MALDI产生的离子采用飞行时间质量分析器（TOF）来检测，因此适用于蛋白质、多肽、核酸和多糖等生物大分子的测定。 通过第一级TOF选择特定多肽和蛋白，而后送入碰撞池进行裂解，再进入第二级TOF进行序列和修饰等结构解析，完成蛋白质的精确鉴定。 根据测定蛋白质酶解后的肽质量指纹图谱、肽序列标签以及一级质谱（MS）结合串联质谱（MS/MS）法去检索核酸或蛋白质序列库，可达到对蛋白质的快速鉴定和高通量筛选。 Tempo LC MALDI 点样系统 数据库检索 Mascot 2.3 结合Mascot Deamon搜索引擎 ProteinPilot 4.0 蛋白分析工具 基于凝胶分离的蛋白质点或者条带的鉴定 (2-DE,DIGE,Co-IP, GST pull down...) 运用质谱进行定量的蛋白质组分析技术 (iTRAQ,SILAC,ICAT...) 生物大分子的分子量分析（200,000） 蛋白质的序列分析 蛋白质翻译后修饰的分析 有机小分子(1000)与高聚物分子(基质合适)分析 MALDI 源生物质谱技术平台的应用 2-DE 路线 适用于质谱的染色方法 荧光染色（SYPRO? Ruby protein gel stain） 考马斯亮兰染色（Bio-Safe? Coomassie? colloidal 250 stain） 银染（Silver Stain Plus? stain） 一级图谱 二级图谱 Mascot Deamon Trypsin digestion LC-MALDI SDS 免疫共沉淀（Co-IP） GST pull down 蛋白质与核酸相互作用鉴定 iTRAQ 路线 iTRAQ + LC-MALDI + 5800 + ProteinPilot 样品标记试剂 数据