日本海马线粒体控制区的序列变异及其在海龙科鱼类系统分析-水产学报.doc

辽宁沿海日本海马线粒体控制区序列变异及其在海龙科鱼类系统分析中的应用 李玉龙，王爱勇，王彬，于旭光，李轶平，董婧(＊（辽宁省海洋水产科学研究院，辽宁省海洋生物资源与生态学重点实验室，辽宁 大连 116023） 摘要：为研究日本海马(Hippocampus japonicus)野生群体的种质资源及遗传多样性状况，采用PCR扩增法获得日本海马线粒体DNA的控制区片段，同时利用GeneBank数据库中已有14种海龙科(Scyphomedusae)鱼类控制区同源序列对其进行序列比较及系统进化分析。日本海马控制区片段长度为557-558bp，其A、T、G、C四种碱基的平均含量分别为34.3%，29.7%，14.1%，21.9%。在控制区序列中，共检测到16个多态性核苷酸位点，定义了16种单倍型，其核苷酸多态度和单倍型多态度都较低（H = 0.70 ± 0.02，π = 0.0032 ± 0. 0021)。利用GenBank数据库中已有的控制区同源序列，采用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(BI)构建了分子系统树。结果显示，采用ML(maximum likelihood)法和贝叶斯(Bayesian)法构建的分子系统树拓扑结构与NJ法构建的分子系统树拓扑结构不完全相同但基本一致，系统进化分析结果与形态分类学的观点一致。研究表明，线粒体DNA控制区序列在海龙科(Syngnathidae)不同阶元间变异较大，适合于海龙科鱼类种间、群体水平的研究以及作为系统进化分析的分子标记。 关键词：日本海马；海龙科；线粒体DNA；控制区序列；序列变异；系统分析 中图分类号: 文献标志码: A 海马是海马属(Hippocampus)鱼类的通称，大多为近海暖水性小型鱼类，具有特化的形态和雄性孵化的独特繁殖方式，分类学上隶属于硬骨鱼纲(Osteichthyes)、刺鱼目(Gasterosteiformes)、海龙科(Syngnathidae) [1-4]。目前已知海马属共包括54个有效种，广泛分布于温带、亚热带和热带沿岸浅水海域，在太平洋、印度洋和大西洋均有分布[4]。海马是一类具有极高经济价值的海洋药源动物[5]，具有很高的药用价值且兼具观赏价值，市场供不应求，目前海马自然资源已受到很大程度的破坏，很多种类已被列为濒危或易危物种加以保护[6-7]。 中国沿海分布有6种海马，分别是日本海马(Hippocampus japonicus)、冠海马(Hippocampus coronatus)、三斑海马(Hippocampus trimaculatus)、大海马(Hippocampus kelloggi)、刺海马(Hippocampus histrix)及管海马(Hippocampus kuda)，其中日本海马数量最多，分布最为广泛[1-3]。随着近年来海马栖息地的破坏及过度捕捞等不利因素的影响，以前为黄渤海习见种类的日本海马野生群体数量急剧下降，已被《中国物种红色名录》[6]列为易危等级。目前，有关海马的研究主要集中在生物学和生活史研究、生态学、分子系统学及保护生物学等方面[26-30]，尤其是海马的保护研究工作引起了各国科学家的广泛关注，已成为目前的研究热点。 为了更好的对日本海马进行保护，了解其种质资源及遗传多样性状况则显得尤为重要，国外一些学者已经针对一些海马种类开展了相关的研究工作[8-14]。线粒体DNA序列和微卫星在海马种类鉴定和群体遗传研究中发挥了重要作用，其中线粒体分子标记如COI、Cyt b、16S、CR等[10-17]在海马分子鉴定、系统进化及种群遗传多样性的研究中得到较为广泛的应用。线粒体DNA控制区(control region, CR)序列为非编码区，其所受选择压力小、进化速度快，是进行种群遗传多样性及系统进化研究的理想分子标记。目前利用线粒体控制区序列对海马种类进行系统进化方面的研究较少，迄今尚未见有关利用控制区序列作为分子标记对日本海马进行遗传多样性及对海马种类进行系统分析方面的相关报道。本研究对采自渤海辽东湾的日本海马野生群体的线粒体DNA控制区片段进行了比较分析，并利用GenBank数据库中同源序列对海龙科鱼类遗传距离和系统进化关系进行研究，以期为日本海马的种质资源保护、可持续利用及海马的系统进化等研究提供基础资料。 1 材料与方法 1.1 样品采集及DNA提取、扩增和测序 40尾日本海马样品于2015年6月至8月采自辽东湾北部近岸海域，参照《海洋生物名录》 [1]和《辽宁省动物志·鱼类》[2]等进行种类鉴定后低温保存备用。采用CTAB法提取基因组DNA后，利用引物HM-DLOOP-F:5′-AGAGCGCCGGTTTTGTAA-3′；HM-DLOOP-R: