生物信息学现状和重要研究方向幻灯片.pptVIP

生物信息学现状和重要研究方向;计算机运算速度: 18个月增长一倍;DNA序列数据: 14个月增长一倍;;  近年来GenBank中的DNA碱基数目呈指数增加，大约每14个月增加一倍。到1999年12月其数目已达30亿，它们来自47000种生物。2000年4月DNA碱基数目是60亿。现在，2001年初这一数目已达110亿。各种生物的EST序列已达600多万条，其中人类的EST序列已超过300 万条，估计覆盖人类基因90％以上；UniGene的数目约达7万个；自1999年初单核苷酸多态性( SNPs,Single Nucleotide Polymorphisms )数据库出现以来，到2000年3月20日SNP的总数是26569，现在已超过350万；自全长1.8Mb的嗜血流感杆菌（Haemophilus influenzae Rd）基因组序列于1995年发表（Fleischmann et al.，1995）以来，已有54个模式生物的完整基因组被测序完成，它们中有9个古细菌、31个原核真细菌、14个真核生物的完整基因组或它们的完整染色体，其中包括酿酒酵母和线虫。还有另外的70余个微生物基因组正在测试当中； ;;;;;FROM SEQUENCE DATA OF DNA TO 3D-STRUCTURE OF PROTEIN;  生物信息学是把基因组DNA序列信息分析作为源头，破译隐藏在DNA序列中的遗传语言，特别是非编码区的实质；同时在发现了新基因信息之后进行蛋白质空间结构模拟和预测。;; 二、若干重要科学研究内容 (一)、大规模基因组测序中的信息分析 大规模测序是基因组研究的最基本任务，它的每一个环节都与信息分析紧密相关。从测序仪的光密度采样与分析、碱基读出、载体标识与去除、拼接与组装、填补序列间隙、到重复序列标识、读框预测和基因标注的每一步都是紧密依赖基因组信息学的软件和数据库的。 ; ;(三)、比较基因组学研究研究生命是从哪里起源的？生命是如何进化的？遗传密码是如何起源的？估计最小独立生活的生物至少需要多少基因，这些基因是如何使它们活起来的？比如，鼠和人的基因组大小相似，都含有约三十亿碱基对，基因的数目也类似。可是鼠和人差异确如此之大，这是为什么？同样，有的科学家估计不同人种间基因组的差别仅为 0.1%；人猿间差别约为1%。但他们表型间的差异十分显著。 这又为什么？完整基因组序列??比较研究是解决这些问题的重要途径。;The distribution of mouse homology genes in the human chromosome (Data from GenBank，Coordinate by R.S.Chen); Study on conservation of gene order in  complete genomes; * chromosome 13 are relatively stable, for instance, whereas chromosome 12 in men and chromosome 16 in women are enormously fickle.* why vertebrates have four times as many HOX genes, a group of key developmental genes, as do fruit flies. ;;;;human genome shares 223 genes with bacteria--genes that do not exist in the worm, fly, or yeast. A reticulated tree, or net, which might more appropriately represent lifes history. ;; Phylogeny Based on Whole Genome as inferred from Complete Information Set Analysis (CISA) ;Phylogeny of 23 completely sequenced Bacteria and Archaea species on the basis of 16s rRNA. A) Phylogenetic tree built by our new method. B) Phylogenetic tree built by Clustalw program. ;Phylogeny of 24 completely sequenced Bacteria, Archaea and E