GeneMapperV4.1_中文说明书.pdfVIP

GeneMapper V4.1录象讲稿 第一节 GeneMapper V4.1综述 GeneMapper 软件支持各种以片段分析为基础的基因分型应用,例 如Microsatellite Analysis、SNaPshot Analysis、AFLP Analysis、LOH Analysis。GeneMapper软件支持 Applied Biosystems (part of LifeTechnologies)公司制造的仪器类型有：3730, 3730xl, 3500, 3500xL, 3130, 3130xl, 3100, 3100-Avant和 310。为了更好的理解软件的分析和 使用，在这里介绍几个术语，术语介绍参见表格： 术语 定义 Analysis Parameters 软件中分析样品所使用的特定设置进行片段大小计算和基因型分型的算 法，这些特定设置包括 analysis method, size standard和 panel bin 在 marker内设定等位基因的片段大小和颜色 bin set 等位基因特定实验条件下一组 bin marker 微卫星标记通过名称、片段大小、染料颜色和重复长度进行设定 panel Marker组合 kit panel组合 第二节 GeneMapper V4.1安装电脑硬件和系统的要求 Applied Biosystems (part of LifeTechnologies)推荐的电脑硬件和系 统要求分别是： * Dell Optiplex 755 PLUS Minitower, Core 2 Duo E8400/3.0GHz * 2GB, Non-ECC, 667MHz DDR2 2X1GB * 320GB SATA 3.0Gb/s and 8MB Data Burst Cache * 16x DVD +/- RW IDE Combo Drive; can handle both CD and DVD * 17-inch Color Monitor (1280 x 1024 pixels or higher) * Windows XP Professional with Service Pack 2 or 3 * Windows Vista(32-bit Business Edition) with Service Pack 1 第三节 微卫星分析(Microsatellite Analysis)流程 微卫星分析最常见的就是 STR分析，如何在 GeneMapper软件里进 行分析，下面介绍微卫星分析的具体流程。 第一步：双击 GeneMapper 软件图标 ，输入用户名和密码进入软 件界面； 第二步：创建 Kit、Panel、Markers。在软件操作界面进入 ToolsPanel Manager， 在 Panel Manager 里点击 FileNew Kit,在 New Kit 对话框按照下面左侧图示输入 然后选准Microsatellite Kit,点击FileNew Panel,在Panel Manager界面 的右侧图示输入 Panel Name Microsatellite Panel出现在Microsatellite Kit下面，如图示 选准Microsatellite Panel，点击 FileNew Marker,在 Panel Manager界面右侧图示输入Marker信息 依次类推，输入所有 marker信息。 第三步：创建 Project并填加样品文件。点击 FileNew Project,在 New Project 对话框里选择 Microsatellite,然后点击 OK，进入 New Project 里，点击 FileAdd Samples to Project,选择指定路径的文件，导入 New Project里，显示如右图示 第四步：设置分析参数和 Microsatellite Kit Microsatellite 点击 OK，在软件 界面显示右侧的形 式。 表格显示形式。 在 Analysis Method栏，选择 New Analysis Method,在 New Analysis Method对话框中选择Microsatellite，点击OK。然后在Analysis Method 编辑对话框中有 5 个分项，分别为 General（在 Name 处输入 Microsatellite Analysis Method）、Allele（在 Bin Set处选择