终稿基因B在肿瘤组织中过表达原因分析_生物学_自然科学_专业资料.docVIP

化学生物学课程设计 基因B高表达原因分析 专业：化学生物学 学生姓名：方晟，杜正宾，房蕾， 王芳琴，尹先珍 指导教师：马亮，刘姿 时 间：2015年1月10日  目录 第一部分：背景介绍（方晟） 1 第二部分：实验思路与计划（方晟） 2 实验思路 2 二、实验计划 3 第三部分：相关实验方法 5 一、表达载体相关方法（杜正宾） 5 二、RNA干扰技术（房蕾） 13 三、启动子与转录因子分析（王芳琴） 17 四、免疫组化（尹先珍） 33 五、表观遗传（尹先珍） 41 附：排版：方晟 第  PAGE \* MERGEFORMAT 49 页 第一部分：背景介绍（方晟） 世界卫生组织2月3日发表的 《全球癌症报告2014》中称 2012年中国新增癌症病例高居第一位 ，中国虽然发病率低于发达国家 ，但是新增和死亡病例居世界第一 ，男性易发肺癌和肝癌 ，乳腺癌在全球女性中成最高发癌症 ，2012年新增癌症病例有近一半来之亚洲，其中大部分在中国。 肺、肝、食道、胃等4种恶性肿瘤中，中国新增病例和死亡人数均居世界首位。因此，癌症治疗形势刻不容缓。 现阶段，癌症主要治疗方式以外科切除手术、放射线治疗和化学治疗为主，但严重的副作用使得病人在治疗过程中极其痛苦。因此，寻求癌症的治疗手段，开发治疗癌症的药物，已经成为21世界最具有前景和潜力的研究方向，以基因为主轴的治疗方式，研发特异性靶向癌细胞的基因药物已经成为开发治疗癌症药物的主流。所谓靶向治疗，是指以标准化的生物标记物来识别是否存在某种疾病特定的控制肿瘤生长的基因或基因谱，以此确定针对特异性靶点的治疗方法。是在细胞分子水平上，针对已经明确的致癌位点，来设计相应的治疗药物，药物进入体内会特异地选择致癌位点来相结合发生作用，使肿瘤细胞特异性死亡，而不会波及肿瘤周围的正常组织细胞，所以分子靶向治疗又被称为“生物导弹”。 癌症是复杂的多基因疾病，研究癌症发病机制、寻找癌症相关蛋白异常表达、开发针对特定癌症相关靶蛋白的药物开发，已成为目前抗癌药物设计与研究的重要方向。通过比较肿瘤组织和正常组织中基因B表达量发现，基因B在肿瘤组织中特异性高表达，而在正常组织中表达水平低，可能基因B高表达与癌症发生相关，也可能成为治疗癌症的靶点。本课题是研究肿瘤组织中某基因B的过表达原因，想以此阐述基因B与癌症之间相关关系，为研发靶向该基因B相关通路蛋白的抗癌药物提供研究思路和方向。 第二部分：研究思路与计划（方晟） 基因表达调控是维持细胞正常活动的基础，中心法则告诉我们，DNA可以经转录成RNA，RNA翻译后形成蛋白质，蛋白质作为生命活动主要承担者，进行新陈代谢、维持细胞形态等生命活动。为研究某基因在肿瘤组织中高表达原因，就必须首先要弄清基因表达的过程和调节过程。下图展示基因表达调控的不同层次。然后可以根据不同层次的研究，来探索基因B究竟在何水平调节下高表达。 图1 不同水平上的基因表达调控 一、本课程设计思路 本课程设计主要是在转录水平探索基因B过表达原因 基因B在其相关信号网络中分析 基因B上下游基因与基因B相关关系研究（设定上游基因为基因C，下游基因为基因D） 1.1查找文献，是否有基因B与上下游基因C或D相关关系研究 1.2基因C或D高表达 所使用方法：表达载体构建 检测指标：基因B、基因C或D表达蛋白量 1.3基因C或D敲出或沉默 所使用方法：RNAi技术 检测指标：基因B、基因C或D表达蛋白量 若出现阳性结果，则进一步研究肿瘤组织中基因C或D 的相关表达量和调控。方法和本课题相关方法一致，是重复研究，直到最终确证原因。 基因B相关转录因子分析 寻找基因B相关转录因子，基因B与相关转录因子关系研究 　 2.1查找文献，是否有基因B与其相关转录因子关系研究 　　　　　2.2基因B启动子分析 所使用方法：启动子分析软件 目的：寻找基因B相关可能转录因子 2.3基因B相关可能转录因子验证 所使用方法：同1.2和1.3.即高表达或者沉默基因B相关可能转录因子，所使用手段与1.2、1.3相同 需要研究相关可能转录因子是否在该肿瘤组织中高表达。 其他分析 RNA剪接，RNA稳定性研究，翻译因子调控，蛋白活性调节，蛋白质稳定性和降解机制，表观遗传等 基因B过表达原因 转录水平 （重点） 转录后水平：RNA剪接，RNA稳定性相关 翻