晶体结构的表达讲解.ppt

第六章;第六章 晶体结构的表达;二、分子几何 ; 以上的公式是对称性最低的三斜晶系的，对称性更高的晶系，可进一步简化 ; 这样的判断常常产生一些问题，这就需要人工判断，把不该成的键断开（FREE A1 A2），把该成的键连起来（BIND A3 A4），计算分子或原子间的弱作用也是用此法;一些常见有机基团中的键 长;3.最佳平面、扭转角与二面角 ; 二面角也称面间角(interplanar angle，它表示两个平面法线之间的夹角（图中φ，都为正值）;扭转角的计算方法：;三、分子间的作用 ; 晶体学中，考察氢键最重要的数据应该是D和A间的距离，这是由于用单晶X-射线衍射法研究氢键 时具有如下问题：;2. π-π堆积作用;错位面对面;*π-π堆积作用的计算要在XP程序中完成;XP的常用指令(字母大小写通用);指 令;指 令;XP的使用：;DRAW MO [ent] ;CELL [ent] ;计算平面和二面角：;画π-π堆积作用图：;无心???换为有心（p1 p-1）：;五、结果数据表----*.tex文件和*.cif文件 ;1. TEX文件 ; Crystal size 0.28 x 0.25 x 0.18 mm Theta range for data collection 1.38 to 26.47 deg. Limiting indices -25=h=37, -10=k=10, -14=l=17 Reflections collected / unique 9671 / 3589 [R(int) = 0.0587] Completeness to theta = 26.47 99.8 % Absorption correction Semi-empirical from equivalents Max. and min. transmission 0.8350 and 0.7596 Refinement method Full-matrix least-squares on F^2 Data / restraints / parameters 3589 / 3 / 315 Goodness-of-fit on F^2 0.952 Final R indices [I2sigma(I)] R1 = 0.0500, wR2 = 0.0596 R indices (all data) R1 = 0.0966, wR2 = 0.0655 Largest diff. peak and hole 0.758 and -0.488 e.A^-3 ; Table 2. Atomic coordinates ( x 10^4) and equivalent isotropic displacement parameters (A^2 x 10^3) for 020908a. U(eq) is defined as one third of the trace of the orthogonalized Uij tensor. ____________________________________________________ x y z U(eq) ______________________________________________________ Co(1) 3875(1) 2187(1) 8733(1) 35(1) N(1) 3836(1) 2424(3) 10104(2) 31(1) N(2) 3346(1) 898(3) 8503(2) 33(1