第一講基因组测序与序列组装.pptVIP

第一讲 基因组测序与序列组装;主要内容: 什么是基因组 什么是基因 DNA测序的方法 DNA序列的组装 人类基因组计划 水稻基因组计划 后基因组学;1. 什么是基因组 ;Zea mays 8,000 Homo sapiens 3,000 Oryza sativa 400 Drosophila melanogaster 165 Arabidopsis thaliana 100 Saccharomyces cerevisiae 12 E.coli 4.6 ;什么是C 值？ 通常是指一种生物单倍体基因组DNA的总量.;细菌;重复顺序;? DNA 的复性 遵循二级反应动力学，可表述为：;Cot(1/2) = 1/K (mol. Sec / L) 常数 ; 是遗传信息的物理和功能单位，包含产生一条多肽链或功能RNA所必需的全部核苷酸序列。 基因分类： 编码RNA的基因，如rRNA基因，snRNA基因等； 编码蛋白质的基因 ;基因的不连续性;基因家族;假基因(Pseudogene) ;重叠基因: 同一段DNA 能携带两种不同蛋白的信息.;;*部分重叠 如： K和C *两个基因共用少数 碱基对 如： D和J ;3. DNA测序的方法 链终止法测序 化学降解法测序 自动化测序 非常规DNA测序;3.1 链终止法测序(the chain termination method) 基本原理: 通过合成与单链DNA互补的多核苷酸链，由于合成的互补链可在不同位置随机终止反应，产生只差一个核苷酸的DNA分子，从而来读取待测DNA分子的顺序。;技术路线与要求;;;3.2 化学降解法测序 基本原理: 在选定的核苷酸碱基中引入化学集团,再用化合物处理,使DNA分子在被修饰的位置降解. ;技术路线;Maxam-Gilbert 法所用的化学技术;化学法测序实例;3.3 自动化测序;;3.4 非常规测序 毛细管电泳 用毛细管电泳取代聚丙烯凝胶平板电泳,节省时间,加快测序进程,其他程序同链终止法或化学测序法. 光点测序 脱氧三磷酸核苷酸连接到DNA 3’-末端时会释放1个焦磷酸(PPi) ,焦磷酸在磷酸化酶的作用下转化为化学能,并发出光亮.由此,往反应液中每次只加入1种核苷酸,当加入的核苷酸结合时,反应液发出亮点,并记录核苷酸种类;当核苷酸未结合时,反应液中的核苷酸酶迅速分解此核苷酸,由此来测定DNA序列. ;DNA芯片测序 基本原理 将各种排列顺序的寡核苷酸点播在芯片上, 每个点播的寡核苷酸在排列的方阵中都有指定的位置.待检测的DNA分子与芯片温浴,凡是能杂交的寡核苷酸都会在确定位置发出信号,然后根据获取的信息将寡核苷酸的顺序进行对比组装,拼接成完全的DNA顺序. ;利用基因芯片进行杂交测序的原理 ;4 序列的组装;A;实例:流感嗜血杆菌基因组的测序及顺序组装; 各重叠群间仍有间隙 顺序间隙 物理间隙 ↓ ↓ ;4.2 限制测序;4.3 指导测序与序列组装; 先将染色体打成比较大的片段(几十-几百Kb), 利用分子标记将这些大片段排成重叠的克隆群(Contig), 分别测序后拼装. 这种策略叫基于克隆群(contig-based)的策略.;两种策略的比较;4.5 其他测序路线;EST (Expressed sequence tag) 测序 EST是一种重要的基因组图分子标记,以EST为探针很容易从 cDNA文库中筛选全基因,又可从BAC克隆中找到其基因组的基因序列. 优点: A mRNA 可直接反转录成cDNA,而且cDNA文库也比较容易构建; B 对cDNA文库大量测序,即可获得大量EST的序列; C EST为基因的编码区,不包括内含子和基因间区域,一次测序的结果足以鉴定所代表的基因;;5.人类基因组计划;5.1 人类基因组计划的目的;5