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生物信息学原理与方法—第九讲蛋白质序列分析与预测
第二讲 蛋白质序列分析与预测;目录;一、基本方法;二、ExPASy 系统简介;1.Protein identification and characterization 蛋白质识别与特证描述
2.DNA - Protein 将DNA序列翻译成蛋白质序列
3.Similarity searches 序列类似性检索（已讲）
4.Pattern and profile searches 模式的搜索
5.Post-translational modification prediction 翻译后修饰预测
6.Topology prediction 空间结构预测
7.Primary structure analysis 一级结构分析
8. Secondary structure prediction 二级结构预测
9.Tertiary structure 三级结构预测
10. Sequence alignment 序列比对（已讲）
11. Biological text analysis 生物学文本分析（不讲）
;1.Protein identification and characterization 蛋白质识别与特证描述;1-1 AACompIdent - 以氨基酸组织识别蛋白质
1-2 AACompSim -比较Swiss-Port条目与其他条目的差异
1-3 MultiIdent -以等电点、分子量、氨基酸组成、序列特征及肽指纹数据识别蛋白质。
1-4 PeptIdent –以肽指纹数据识别蛋白质、等电点、实验测定的分子量、以Swiss-Prot中所有蛋白质的理论肽来比较使用者指定的肽质谱，提供数据库的注释。
1-5 TagIdent以等电点、分子量和序列特征识别蛋白质，并检出与所给等电点和分子量最接近的蛋白质序列列表。
1-6 FindMod –预测可能的蛋白质翻译后修饰及肽中单个氨基酸可能被取代。将实验测定的肽质谱与指定的Swiss-Prot序列中的理论肽或用户输入的序列作比较，质谱的差异以作出更佳的蛋白质特征描述。
1-7 GlycoMod -以实验测定的质谱预测蛋白质可能出现的寡多醣结构。
1-8 GlycanMass - 以寡多醣结构预测其质谱。
1-9FindPept -由实验质谱识别蛋白质中的肽，并考虑到人工化学修饰、翻译后修饰以及蛋白酶自体溶解等因素。
1-10PeptideMass-以Swiss-Prot 、TrEMBL 条目或用户提供的序列來预测其肽质谱及翻译后修饰。;1-11PeptideCutter –由所提供的蛋白质序列来预测可能的蛋白酶剪切位点或化学剪切位点。
1-12IsotopIdent –预测肽、蛋白质、多核苷酸或化学组成的理论同位分布
1-13PepMAPPER-由英中的UMIST提供的肽质谱分析工具。
1-14Mascot –由Matrix Science Ltd.,提供的序列搜索、MS/MS离子及肽质谱识别。
1-15PepSea -由Protana, Denmark提供的从肽质谱和肽序列识别蛋白质。
1-16PeptideSearch -由EMBL Heidelberg提供的肽质谱识别工具。
1-17ProteinProspector -由UCSF提供的多种质谱分析工具。
1-18PROWL -由Rockefeller和NY Universities提供蛋白质化学性质及质谱仪资源。
1-19PFMUTS -由MALDI提供，显示肽片段中可能出现的单氨基酸或两氨基酸突变。
1-20CombSearch -一种试验性的的蛋白质识别工具集成系统。;2.DNA - Protein 将DNA序列翻译成蛋白质序列; 2-1Translate - 将DNA序列翻译成蛋白质序列。
2-2Transeq – 使用EMBOSS 软件包将DNA序列翻译成蛋白质序列。
2-3Graphical Codon Usage Analyser –以图形方式显示密码子偏向性
2-4BCM search launcher – 以六种框架翻译DNA序列
2-5Backtranslation – 将蛋白质序列翻译成DNA序列
2-6Genewise – 比较蛋白质序列与基因组的DNA序列，允许内含子和读框错误
2-7FSED – 读框错误检测
2-8LabOnWeb -使用Compugen LEADS clusters延伸EST、表达模式及ESTs序列分析。
2-9List of gene identification software sites 列出基因识别的软件。
;3.Similarity searches 相似搜索;3-1 BLAST
3-2 Bic ult
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