生物信息学和其发展历史.pptVIP

第二节 生物信息学及其发展历史 ;1、生物信息学的概念;生物信息学（Bioinformatics） 这一名词的来由 ;生物信息学;三种科学文化的融合; 生物信息学（bioinformatics)是80年代未随着人类基因组计划（Human genomeproject)的启动而兴起的一门新的交叉学科。它涉及生物学、数学、计算机科学和工程学，依赖于计算机科学、工程学和应用数学的基础，依赖于生物实验和衍生数据的大量储存。 ;概念（广义）;广义的说，生物信息不仅包括基因组信息，如基因的DNA序列、染色体定位，也包括基因产（蛋白质或RNA）的结构和功能及各生物种间的进化关系等其他信息资源。生物信息学既涉基因组信息的获取、处理、贮存、传递、分析和解释，又涉及蛋白质组信息学如蛋白质的序列、结构、功能及定位分类、蛋白质连锁图、蛋白质数据库的建立、相关分析软件的开发和应用等方面，还涉及基因与蛋白质的关系如蛋白质编码基因的识别及算法研究、蛋白质结构、功能预测等，另外，新药研制、生物进化也是生物信息学研究的热点。 ;概念（狭义）; 由于当前生物信息学发展的主要推动力来自分子生物学，生物信息学的研究主要集中于核苷酸和氨基酸序列的存储、分类、检索和分析等方面，所以目前生物信息学可以狭义地定义为：将计算机科学和数学应用于生物大分子信息的获取、加工、存储、分类、检索与分析，以达到理解这些生物大分子信息的生物学意义的交叉学科。 ; 1995年，在美国人类基因组计划（HGP）第一个五年总结报告中给出了一个较为完整的生物信息学的定义：生信息学是包含生物信息的获取、处理、贮存、分发、分析和解释的所有方面的一门学科，它综合运用数学、计算机科学和生物学的各种工具进行研究，目的在于了解大量的生物学意义。 ;Bioinformatics;2、生物分子信息;细胞; 生物信息学主要研究两种信息载体 DNA分子 蛋白质分子 ;;Protein Machines ;From the Cell to Protein Machines ;生物分子至少携带着三种信息 遗传信息 与功能相关的结构信息 进化信息;(1)遗传信息的载体——DNA;DNA通过自我复制，在生物体的繁衍过 程中传递遗传信息 ;基因的DNA序列;(2)蛋白???的结构决定其功能;(3) DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息;生 物 分 子 信 息;?;第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。;生物分子信息的特征;3、生物信息学的发展历史; 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算 生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端 20世纪70年代到80年代初期 ，出现了一系列著 名的序列比较方法和生物信息分析方法 20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机 构和生物信息数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速 发展;关于生物信息学发展历程中的重要大事， 请参见下面两个网站的介绍： /Education /BLASTinfo/milestones.html、 /bioinformatics/。; 第三节 生物信息学主要研究内容 ;生物信息学主要研究内容;基因组 数据库 ;2、 数据库搜索及序列比较 ;发现同源分子;3、 基因组序列分析 ;4、基因表达数据的分析与处理;基因芯片;;;;二维电泳图;5、蛋白质结构预测 ;二级结构预测;空间结构预测;第四节 生物信息学当前的主要任务 ; 纵观当今生物信息学界的现状，可以发现，大部分人都把注意力集中在基因组、蛋白质组、蛋白质结构以及与之相结合的药物设计上 ;1. 基因组 ;1.2 非蛋白编码区生物学意义的分析 ; 非蛋白编码区约占人类基因组的95%，其生物学意义目前尚不是很清楚，但从演化观点来看，其中必然蕴含着重要的生物学功能，由于它们并不编码蛋白，一般认为，它们的生物学功能可能体现在对基因表达的时空调控上。 对非蛋白编码区进行生物学意义分析的策略有两种，一种是基于已有的已经为实验证实的所有功能已知的DNA元件的序列特征，预测非蛋白编码区中可能含有的功能已知的DNA元件，从而预测其可能的生物学功能，并通过实验进行验证；另一种则是通过数理理论直接探索非蛋白编码区的新的未知的序列特征，并从理论上预测其可能的信息含义，最后同样通过实验验证。 ;1.3 基因组整体功能及其调节网络的系统把握 ;1.4 基因组演化与物种演化 ; 尽管已经在分子演化方面取