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RNAi技术与产品

RNAi 技术与产品;什么是RNAi?;RNAi 研 究 史;RNAi 机制 模式图;值得注意:哺乳动物细胞中的RNA干扰;RNA干扰研究的一般流程;siRNA的一般形式: 哺乳动物:21-23bp dsRNA 非哺乳动物:可以采用长片段dsRNA;选择siRNA靶位点  从转录本AUG起始密码子开始,搜寻下游AA序列,记录跟每个AA 3’端相邻的19个核苷酸作为候选的siRNA靶位点 有研究结果显示GC含量在30%—50%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更为有效。 Tuschl等建议在设计siRNA时不要针对5和3端的非编码区(untranslated regions,UTRs),原因是这些地方有丰富的调控蛋白结合区域,而这些UTR结合蛋白或者翻译起始复合物可能会影响siRNP核酸内切酶复合物结合mRNA从而影响siRNA的效果。  ;序列同源性分析 将潜在的序列和相应的基因组数据库(人,或者小鼠,大鼠等等)进行比较,排除那些和其他编码序列/EST同源的序??。例如使用BLAST( /BLAST/) 选出合适的目标序列进行合成 并非所有符合条件的siRNA都一样有效,其原因还不清楚,可能是位置效应的结果,因此对于一个目的基因,一般要选择3-5个靶位点来设计siRNA 设计阴性对照 一个完整的siRNA实验应该有阴性对照,作为阴性对照的siRNA应该和选中的siRNA序列有相同的组成,但是和mRNA没有明显的同源性。通常的做法是将选中的siRNA序列打乱,同样要检查结果以保证它和其他基因没有同源性。;siRNA( Small interfering RNA)序列设计;siRNA( Small interfering RNA)序列设计;RNA干扰研究的一般流程;合成siRNA;优点: 方便 数量大,可进行数千次转染 纯度高 缺点: 价格较贵 定制周期长 ;QIAGEN提供种类繁多的siRNA设计与合成服务 ; HP GenomeWide siRNA HP Validated siRNA HP siRNA Sets Published Library siRNA Control Library siRNA ; ;HP Validated siRNA; 预先合成的siRNA siRNA序列源自顶尖期刊 每条siRNA的基因沉默效果有实验数据支持 登录 /GeneGlobe/Default.aspx;一些常用基因的预制好的siRNA, 合成的序列依据是已经发表的文献;Control siRNAs;Control Library siRNA; 针对人的各个基因预先设计并合成的siRNA 每个Set包含几百到几千个基因的siRNA 采用HiPerformance siRNA Design Algorithm 100%满意承诺 多种Set产品供选择;预合成;客户定制siRNA化学合成(设计+合成);对于特定的基因可以合成4个siRNA, 承诺其中至少2个siRNA可以达到70%以上的基因抑制效果(mRNA水平) 高效高特异性的siRNA 设计的灵活性 —— 可针对各个基因,各个物种,多物种,不同的剪接体,特殊的mRNA区段进行设计 4 x 20 nM 可带各种修饰 ;HP Flexible siRNA Design;Customer siRNA;Customer siRNA Set;合成siRNA;体外转录siRNA;体外转录法的优点和缺点;Epicentre提供体外转录RNAi产品;Epicentre MessageMuter? shRNAi Production Kit;合成siRNA;长片断dsRNAs经RNase III 类降解得到siRNA混合物;长片断dsRNAs经RNase III 类降解得到siRNA混合物优点和缺点;ShortCutTM RNAi 试剂盒;合成siRNA;siRNA表达载体或者病毒载体在细胞中表达siRNAs ;siRNA表达载体或者病毒载体在细胞中表达siRNAs优点和缺点;RNA干扰研究的一般流程;脱靶效应 / off-target effect;转染试剂;RNA干扰研究的一般流程;分析RNA干扰的效果

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