生物信息学实验指教201420151解增言.doc

生物信息学实验  PAGE \* MERGEFORMAT 25 生物信息学实验指导 适用专业：生物技术与制药大类 生物技术 编写：解增言 生物信息学院 2014年9月  目录  TOC \o 1-3 \h \z \u  HYPERLINK \l _Toc400526667 实验1 在线BLAST同源序列查询  PAGEREF _Toc400526667 \h 3  HYPERLINK \l _Toc400526668 实验2 本地BLAST同源序列查询  PAGEREF _Toc400526668 \h 8  HYPERLINK \l _Toc400526669 实验3 利用ClustalX与MEGA进行多序列比对与分子系统发生树构建  PAGEREF _Toc400526669 \h 10  HYPERLINK \l _Toc400526670 实验4 利用RNAfold预测RNA二级结构  PAGEREF _Toc400526670 \h 14  HYPERLINK \l _Toc400526671 实验5 Pfam蛋白质结构域分析  PAGEREF _Toc400526671 \h 17  HYPERLINK \l _Toc400526672 实验6 利用PSSpred预测蛋白质二级结构  PAGEREF _Toc400526672 \h 19  HYPERLINK \l _Toc400526673 实验7 利用Cn3D和RasMol分析蛋白质三级结构  PAGEREF _Toc400526673 \h 21  HYPERLINK \l _Toc400526674 实验8 利用GO及EST数据分析基因功能  PAGEREF _Toc400526674 \h 24  实验1 在线BLAST同源序列查询 一、实验目的 1． 了解同源序列查询的原理和用途； 2． 掌握利用NCBI在线BLAST工具查找同源序列的方法。 二、实验原理 在生物学种系发生理论中，若两个或多个结构具有相同的祖先，则称它们同源（homologous）。分子生物学中的同源指两条序列来自于一条共同的祖先序列。一般来说，相似超过一定程度的序列具有同源性。在生物信息学研究中，常用序列比对（alignment）来研究序列的同源性以及推测物种之间的关系。 最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对，通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找二者可能的分子进化关系。进一步的比对是将多个蛋白质或核酸同时进行比较，寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域或位点，从而探索导致它们产生共同功能的序列模式。此外，还可以把蛋白质序列与核酸序列相比来探索核酸序列可能的表达框架；把蛋白质序列与具有三维结构信息的蛋白质相比，从而获得蛋白质折叠类型的信息。 比对还是数据库搜索算法的基础，将查询序列与整个数据库]的所有序列进行比对，从数据库中获得与其最相似序列的已有的数据，能最快速的获得有关查询序列的大量有价值的参考信息，对于进一步分析其结构和功能都会有很大的帮助。近年来随着生物信息学数据大量积累和生物学知识的整理，通过比对方法可以有效地分析和预测一些新发现基因的功能。 序列两两比对 序列比对的理论基础是进化学说，如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能有共同的进化祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失、以及序 列重组等遗传变异过程分别演化而来。序列相似和序列同源是不同的概念，序列之间的相似程度是可以量化的参数，而序列是否同源需要有进化事实的验证。在残基－残基比对中，可以明显看到序列中某些氨基酸残基比其它位置上的残基更保守，这些信息揭示了这些保守位点上的残基对蛋白质的结构和功能是至关重要的，例如 它们可能是酶的活性位点残基，形成二硫键的半胱氨酸残基，与配体结合部位的残基，与金属离子结合的残基，形成特定结构motif的残基等等。但并不是所有保守的残基都一定是结构功能重要的，可能它们只是由于历史的原因被保留下来，而不是由于进化压力而保留下来。因此，如果两个序列有显著的保守性，要确定二者具有共同的进化历史，进而认为二者有近似的结构和功能还需要更多实验和信息的支持。通过大量实验和序列比对的分析，一般认为蛋白质的结构和功能比序列具有更大的保守性，因此粗略的说，如果序列之间的相似性超过30%，它们就很可能是同源的。 早期的序列比对是全局的序列比较，但由于蛋白质具有的模块性质，可能由于外显子的交换而产生新蛋白质，因此局部比对会更加合理。通常用打分矩阵描述序列两两比对，两条序列分别作为矩阵的两维，矩阵点是两维上对应两个残基的相似性分数，分